在清代前期，总督、巡抚所辖省区还未十分确定。中期以后，才确定设8督16抚。督、抚的职权也随着时代而有不同。前期督权远过抚权，总督兼辖区域有2-3省的，如两江总督辖江苏、安徽、江西；与总督同驻一城的巡抚与总督之间经常发生摩擦并相互牵制(如两广总督与广东巡抚同驻广州)，巡抚仅守虚名，分省的军政、民事也由总督主裁。咸丰年间，巡抚职权渐重。光绪年间为解决督抚同城的矛盾，裁撤了同城巡抚衙门，以总督兼巡抚职；但分省巡抚之权几乎等同于总督，所谓总督兼辖不过奉行文书而已。宣统年间，军政、盐政集于中央，督、抚之权渐轻。
清代总督衔称与明代有异，如直隶本不是省区名，而以直隶总督为各省总督领袖；又如四川总督皆兼巡抚事，为有督无抚的省区。而总督、巡抚带兵部、都察院衔，似乎是唐代观察使带台省官的遗制，但又有不同，唐代观察使是差遣，而清代总督、巡抚已变为实官，带部院衔是藉以表示为朝廷特派的部院大臣，非此即不能兼辖文武，行使监察权，使地方官吏一律听其命令。
巡捕为总督、巡抚、将军的随从官，分文武两种。文巡捕以本省佐杂官充任，武巡捕以本省低级武官充任，负责传宣、防卫。钦差官如主考、学政也有临时的巡捕，由督、抚指派。
总督、巡抚衙门中草拟文牍、掌管档案的幕僚。在“内签押房”(即机要办公室，签署文件)办公的，与长官关系密切，得预闻机要，称“内文案”。
戈什哈为清代高级官员的侍从武弁，简称“戈什”，满语护卫之意。总督、巡抚、将军、都统、提督、总兵等官属下均设有此职。
(1)总督衙门
清沿明制划全国为若干大区，每区设总督(正二品；加衔至从一品)1人，“掌厘治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆”(《清史稿·职官三》)；乡试充监临官，武科充主试官；其属下文职道府以下、武职副将以下均由总督奏请升调免黜。其官品高于巡抚，节制巡抚，但两者并无隶属关系。
康熙31年定总督加衔制：由各部左、右侍郎授总督者，改兵部左、右侍郎衔(从二品)；由巡抚授总督者，加兵部右侍郎兼右副都御史衔(正三品)。乾隆13年定大学士兼管总督者仍带原衔，14年改授总督右都御史衔(从一品)，其兵部尚书衔(从一品)由吏部疏请定夺。嘉庆14年定以二品顶戴授总督者兼兵部侍郎衔，待升品秩再加尚书衔。光绪32年改定总督加陆军部尚书衔。宣统2年废总督加衔制。
乾隆18年因漕运总督、河道总督无地方之责，授衔视同巡抚。嘉庆12年定由尚书授漕、河总督者，应否兼兵部尚书衔，也由吏部疏请定夺。
总督在明代也称总制，所以清代一般还称总督为制台。因兼兵部尚书衔，自称部堂；因兼提督军务衔，辖制军旅，称制军、大帅和总制；因其节制文武各官，并兼右都御史衔，又称制宪、督宪。而督抚仍用钦差官的体制，不给印绶而给关防，自称部堂、部院，而不单称总督、巡抚。
各省总督除节制辖区内提督、总兵所辖军队外，又各有直属军队，名为“督标”。各督标营设有副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等官。一般有中、左、右3营，也有中、左、右、前、后5营的，有的省还设“城守营”，闽浙更特设水师营和海防营。各省督标兵额不同，两江虽仅3营(中、左营及江宁城守营)而兵额最多，有4000余人；陕甘、两湖最少，仅1000余人；其他则2千多、3千多不等。
1.直隶总督(总督直隶等处地方提督军务、粮饷、管理河道兼巡抚事；辖今河北省及内蒙古一部)
顺治5年置直隶、山东、河南三省总督，驻大名；15年改为直隶巡抚，17年移驻真定；18年又置总督，驻大名。康熙8年罢三省总督，移直隶巡抚还驻保定；54年加直隶巡抚以总督衔，但非常例。雍正元年诏嘉李维钧勤慎，特授总督，从此定制。乾隆14年令兼河道；28年诏依四川例，兼管巡抚事。咸丰3年兼管长芦盐政。同治9年加三口通商事务，授为北洋通商大臣，驻天津；冬季封河，还驻保定。
2.两江总督(总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务；辖今江苏、安徽、江西)
顺治2年以内阁大学士洪承畴总督军务，招抚江南各省；4年置江南、江西、河南三省总督，驻江宁；9年移驻南昌，时号江西总督，后又驻江宁；18年分置江南、江西总督。康熙元年加江南总督操江事务。康熙4年合并江南、江西总督，13年又分置，21年又合并，定名为两江总督。雍正元年以两江总督综治江苏、安徽、江西三省，加兵部尚书兼右都御史衔。道光11年兼两淮盐政。同治5年加五口通商事务，授为南洋通商大臣。
3.陕甘总督(总督陕甘等处地方提督军务、粮饷、管理茶马兼巡抚事；辖今陕西、甘肃、新疆)
顺治元年置陕西总督，驻固原，兼辖四川；14年移驻汉中。康熙3年更名山陕总督，兼辖山西，还驻西安；14年改为陕甘总督，在山西另置总督；19年罢山西总督，归并山西，仍改陕甘为山陕。雍正元年以陕甘总督综治陕西、甘肃、四川三省，加兵部尚书兼右都御史衔；3年授兵部尚书岳锺琪为总督，之前定为满缺，参用汉人自此始；9年改专辖陕、甘；14年又辖四川，更名川陕甘总督。乾隆13年用兵西北，仍置陕西总督；19年省甘肃巡抚，移陕甘总督驻兰州，兼甘肃巡抚
事；24年另置甘肃总督，兼辖陕西，驻肃州；移川陕总督驻四川；后又定名陕甘总督，还驻兰州，仍兼巡抚事。光绪8年新疆建行省，又兼辖新疆。
4.闽浙总督(总督闽浙等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今福建、台湾、浙江)
顺治2年置福建总督，驻福州，兼辖浙江；5年更名浙闽总督，移驻衢州，兼辖福建；15年两省分置总督，福建总督驻漳州，浙江总督驻温州。康熙11年移福建总督驻福州，12年裁浙江总督；26年改福建总督为福建浙江总督。雍正5年特授李卫总督浙江，整饬军政吏治，并兼巡抚事；郝玉麟以浙闽总督专辖福建；12年裁浙江总督，仍合并。乾隆元年诏依李卫例，特授嵇曾筠为浙江总督，郝玉麟仍专辖福建；3年嵇曾筠入阁，郝玉麟仍总督闽、浙，从此定制。光绪11年省福建巡抚，并兼巡抚事。
5.湖广总督(总督湖北湖南等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今湖南、湖北)
顺治元年置湖广总督，驻武昌。康熙7年裁，9年复置；19年改川湖总督为湖广总督，还驻武昌；26年更名湖北湖南总督。光绪30年兼湖北巡抚事。
6.四川总督(总督四川等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今四川)
顺治元年置四川巡抚，驻成都，不置总督；10年以川省兵马钱粮皆从陕西调发，诏陕西总督孟乔芳兼督四川；14年停陕督兼辖，专置四川总督，驻重庆。康熙7年更名川湖总督，徙荆州；9年还驻重庆；13年四川省会另置总督1人；19年省归隶陕甘总督，其川湖总督省归湖广总督兼理。雍正9年复置，驻成都；13年又裁。乾隆13年用兵金川，始定为专缺，兼管巡抚事；24年兼辖陕西，后停兼辖。宣统元年以将军所辖松潘镇、建昌镇，阜和协所属各营，建昌道、松茂道所属府、厅、州、县、改隶四川总督。
7.两广总督(总督两广等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今广东、广西及海南岛等地)
顺治元年置广东总督，驻广州，兼辖广西；12年移驻梧州。康熙2年另置广西总督，移广东总督驻廉州；3年仍合并，驻肇庆。雍正元年复分置，2年仍合；7年因苗人反叛，令云贵总督兼辖广西；12年仍隶广东。光绪31年兼广东巡抚事。
8.云贵总督(总督云贵等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今云南、贵州)
顺治16年置经略，后改总督，两省互驻。康熙元年分置云南总督，驻曲靖；贵州总督，驻安顺；3年仍合并，移驻贵阳；12年仍分置，后合并；26年移驻云南府。雍正10年嘉鄂尔泰才，以云贵总督兼制广西，给三省总督印；12年仍辖两省，以经略苗疆，授张广泗为贵州总督兼巡抚事，尹继善为云南总督，专辖云南；后合并。光绪31年兼云南巡抚事。
9.东三省总督(总督东三省等处地方兼管三省将军、奉天巡抚事；辖今辽宁、吉林、黑龙江)
康熙元年各设将军管辖奉天、吉林、黑龙江三省。光绪2年兼管盛京兵部、刑部及府尹，以兵部尚书、右都御史衔行总督事。光绪32年(1906年)奉天、吉林、黑龙江建为行省，各置巡抚1人，改盛京将军为东三省总督，授为钦差大臣，并兼管三省将军事务，随时分驻三省行台。宣统2年兼奉天巡抚事，省巡抚。
10.漕运总督(标下官同总督)
顺治元年遣御史巡漕，后置总督，驻淮安；6年兼凤庐巡抚事，16年停兼职。康熙21年定粮艘过淮，总漕随运述职。咸丰10年令节制江北镇、道各官。光绪30年以淮、徐盗警，改置巡抚，31年裁。
11.河道总督(掌治黄河、运河、永定河河渠疏浚及堤防；别称河台)
江南河道总督(简称南河)1人，山东河南河道总督1人(简称东河)，标下官同总督；直隶河道总督以直隶总督兼理(简称北河)。所属有河库道、河道；管河同知、通判。
顺治元年置总河，驻济宁。康熙16年移驻清江浦；27年还驻济宁，令协理侍郎开音布等驻其地；31年总河并驻济宁；39年裁协理；44年兼理山东河道。雍正2年置副总河，驻武陟，专理北河；7年改总河为总督江南河道，驻清江浦(今江苏清江)，副总河为总督河南山东河道，驻济宁，分管南北两河；8年增置直隶正、副总河，为河道水利总督，驻天津(从此北河、南河、东河为三督)；9年置北河副总河，驻固安，并置东河副总河，移南河副总河驻徐州；12年移东河总督驻兗州。乾隆2年省副总河，之后省置无恒；14年省直隶河道总督。咸丰8年省南河河道总督。光绪24年省东河河道总督，后复置；28年又省，从此无专官掌河务。
(2)巡抚衙门
各省设巡抚(从二品；加衔至正二品)1人为一省行政长官，掌考察全省地方官员并本省关税、漕政等，若用兵则督理粮饷；兼提督衔则节制本省各镇总兵；乡试充监临官，武科充主试官。其职权稍次于总督，不受总督节制之省，则巡抚独当一面。
雍正元年(1723年)定巡抚加衔制：由侍郎授巡抚者，改兵部右侍郎(从二品)兼右副都御史衔(正三品)；由学士、左副都御史及卿员、布政使等官授巡抚者，俱为右副都御史衔；由左佥都御史或四品京堂、按察使等官授巡抚者，俱为右佥都御史衔。乾隆14年定巡抚不由侍郎授者，俱兼右副都御史衔；其兵部侍郎衔，由吏部疏请定夺。光绪32年改定巡抚加陆军部侍郎衔。宣统2年废巡抚加衔制。
巡抚俗称抚台，因兼兵部侍郎，自称部院；因兼右副都御史衔，称中丞、抚宪；因兼提督军务衔，辖制军旅，称抚军；因其
节制文武各官，又称抚院。
清初只有个别巡抚兼提督军务衔，之后逐渐增多。到光绪年间，所有巡抚均兼提督军务衔，并都加兼理粮饷衔。各省巡抚都有直属军营，名为“抚标”，一般有左、右2营(有几省设有城守营或捕盗营)，最多为4营，其兵额以新疆最多，达6000余人；湖南最少，仅700余人。一般为1000-2000多人不等。各抚标设有参将、游击、都司等官。
各省巡抚衙门内部组织，仅有书吏人员，且以陕西、贵州两省最多，各有40人；其次新疆有36人；一般省份则为20人左右。光绪33年(1907年)依安徽巡抚冯煦奏，各省巡抚衙门增设交涉、吏、民、度支、礼、学、军政、法、农工商、邮传十科，各置秘书、助理秘书、参事等职，并设会议厅，佐理文牍，分科办事。
江苏、安徽、河南、山东、陕西、甘肃、浙江、湖南、湖北、广东、云南、贵州、福建、江西。奉天、吉林、黑龙江三省的督抚一直到1907年才设置。直隶、四川两省只设总督，不设巡抚。甘肃巡抚于1754年撤去，由陕甘总督兼任。1884年建新疆省，始设甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。1885年台湾建省，改福建巡抚为台湾巡抚，驻台北，福建巡抚由闽浙总督兼任。其余各省则督抚并置。
1.江苏巡抚(巡抚江苏等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置江南巡抚，驻苏州，辖江宁、苏州、松江、常州、镇江五府；18年江南分省，更名江苏巡抚。
2.安徽巡抚(巡抚安徽等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置操江兼巡抚安徽徽、宁、池、太、广，驻安庆。康熙元年省操江，所部12营改隶总督，始置安徽巡抚。嘉庆8年因距寿春镇窎远，加提督衔。
3.山西巡抚(巡抚山西等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置巡抚，驻太原，提督雁门等关。雍正12年管理提督事务，节制通省武弁。
4.河南巡抚(巡抚河南等处地方提督军务、粮饷兼理河道、屯田)
顺治元年置，驻开封。康熙17年定管理河南岁修工程。雍正4年加总督衔，不为常例。后裁，13年复置。乾隆5年因盗警，加提督衔。
5.山东巡抚(巡抚山东等处地方提督军务、粮饷兼理营田)
顺治元年置，驻济宁；海防巡抚驻登州，9年裁。康熙44年管理山东河道；53年兼临清关务。乾隆8年依山西、河南例，加提督衔。
6.陕西巡抚(巡抚陕西等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置，驻西安，定为满缺。雍正9年以兵部尚书史贻直署巡抚，自此始参用汉人。
7.浙江巡抚(巡抚浙江等处地方提督军务、节制水陆各镇兼理粮饷)
顺治元年置，驻杭州。雍正5年改总督，13年仍为巡抚，兼总督衔。乾隆元年复
置总督，3年仍为巡抚。
8.江西巡抚(巡抚江西等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置，驻南昌，辖十一府。康熙3年兼辖南安、赣州。乾隆14年加提督衔。
9.湖南巡抚(巡抚湖南等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置偏沅巡抚，驻偏桥镇。康熙3年湖南分省，移驻长沙。雍正2年更名湖南巡抚，令节制各镇。
10.湖北巡抚(巡抚湖北等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置湖广巡抚，驻武昌。康熙3年更名湖北巡抚。光绪24年省，后复置；32年又省。
11.广东巡抚(巡抚广东等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置，驻广州。雍正2年兼太平关务。光绪24年省，后复置；31年因广西军务平，又省。
12.广西巡抚(巡抚广西等处地方提督军务兼理粮饷加节制通省兵马衔)
顺治元年置，驻桂林；6年省凤阳巡抚标兵，归隶广西巡抚。雍正9年令节制通省兵马。
13.云南巡抚(巡抚云南等处提督军务兼理粮饷)
顺治元年置，驻云南府。雍正4年命江苏布政使鄂尔泰为巡抚，兼总督事；10年升总督，兼巡抚事；张广泗继任，亦兼巡抚。乾隆12年始授图尔炳阿为巡抚。光绪24年省，后复置；30年又省。
14.贵州巡抚(巡抚贵州等处地方提督军务兼理粮饷加节制通省兵马衔)
顺治15年置，18年停提督军务。乾隆12年因苗患复置，13年加爱必达节制通省兵马衔；18年著为例。
15.台湾巡抚(巡抚台湾等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置福建巡抚，驻福州。光绪元年移驻台北，11年台湾建行省，改福建巡抚为台湾巡抚，兼学政，福建巡抚事归闽浙总督兼管；21年弃台湾，省巡抚。
16.新疆巡抚(巡抚新疆等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置甘肃巡抚，驻甘州卫(雍正2年改卫为府)；5年移驻兰州。康熙元年移驻凉州卫，后改卫为府；5年还驻兰州，后改驻巩昌；19年仍回兰州；44年兼管茶马事。乾隆19年省，移陕甘总督来驻，兼巡抚事。光绪10年新疆建行省，置甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。
(三)提督学政
每省1人，从侍郎、京堂、翰、詹、科、道、部属等官进士出身人员内简用，各带原衔品级，掌学校政令，岁、科两试。巡历各地，察师儒优劣，生员勤惰，升其贤者能者，斥其不帅教者。凡有兴革，会督、抚行之。
(四)藩、臬衙门
藩、臬两司是宋代转运使及提刑的残余痕迹，被认为是一省的正式长官，而督、抚则是特派员，所以明制藩、臬要定期朝觐。康熙时废去此制，藩、臬不再有直达皇帝之权(特殊情况例外)。乾隆以后，督、抚成为固定的封疆大吏，变为正式长官，而藩、臬便失去行政独立性，降为
督、抚的属员。督、抚虽无权撤销藩、臬的职务，但可以在年终密考折内出具考语，朝廷总是根据考语加以处分的。不过今日的藩、臬即未来的督、抚，故除非不得已，督、抚也不会轻易举劾。
(1)承宣布政使司
清初各省设左、右布政使各1人，左、右参政、参议因事酌置，守道并兼参政、参议衔。但直隶不置布政使，置口北道1人司度支，兼山西布政使衔；贵州事简，不置右布政使。雍正2年改直隶守道为布政使。顺治18年(1661年)分江南布政使司为江苏、安徽布政使司。康熙2年(1663年)分陕西布政使司为陕西、甘肃布政使司，3年又分湖广布政使司为湖北、湖南布政使司。乾隆18年停各省守道兼布政使、参政、参议衔。
康熙6年(1667年)去左、右系衔，每省只设布政使1人；惟江苏设布政使2人：一驻江宁(辖江、淮、扬、徐、通、海六府)；一驻苏州(辖苏、松、常、镇、太五府)。光绪10年(1884年)新疆建行省，增设甘肃新疆布政使1人，驻乌鲁木齐；13年(1887年)台湾建行省，增置福建台湾布政使1人，驻台北；21年(1895年)日本侵占台湾，裁撤台湾布政使。
布政使俗称藩司(从二品；又称方伯、藩台、藩司、东司)，其品级与巡抚同，掌一省行政和财赋出纳，向府州县宣布国家政令(故称承宣布政使司)；提调乡试；每10年向户部汇报全省户籍、税役、民数、田数；各项重要政务，报于督抚议行。布政使与按察使合称“两司”，与督抚、按察使合称“三大宪”。
下属机构：
1.经历司：掌收发文书；经历(正六品)1人，江宁、苏州、湖南、甘肃不置；都事(从七品)福建、河南各1人。
2.照磨所：照磨(从八品)1人，掌照刷案卷(检察文书效率)，浙江、福建、湖北、山西、四川、甘肃各1人。
3.库大使(正八品)1人，掌库藏出纳；仓大使(从九品)1人，掌稽查粮仓。因时因地，省置无恒。
(2)提刑按察使司
清初各省设按察使1人，副使、佥事因事酌置，巡道并兼副使、佥事衔。但直隶不置按察使，置大名巡道兼河南按察使衔，通永天津巡道兼山东按察使衔，霸昌井陉巡道兼山西按察使衔，雍正2年改直隶巡道为按察使。乾隆18年停各省巡道兼按察使、副使、佥事衔。
按察使(正三品；又称臬台、臬司、廉访、西司)每省1人，“掌振扬风纪，澄清吏治。所至录囚徒，勘辞状，大者会藩司议，以听于部、院。兼领全省驿传。乡试充监试官，大计(指考察京外官员)充考察官，秋审充主稿官”(《清史稿·职官三》)。
下属机构：
1.经历司：
经历(正七品)1人，掌收发文书，安徽、湖南、甘肃、贵州不置；知事(正八品)1人，掌勘察刑名，江西、福
建、山西、广东、广西各1人。
2.照磨所：照磨(正九品)1人，掌照刷案卷(检察文书效率)，安徽、福建、浙江、湖南、甘肃、贵州各1人。
3.司狱司：司狱1人(从九品)，掌检察系囚。因时因地，省置无恒。
(五)都转盐运使司
清初沿明制，差御史巡视盐课。后改由盐政官管理，盐政官均特旨兼充。都察院御史巡盐，也加盐政衔；由内务司官充盐政官，仍带御史衔；各省以督、抚综理盐政。
盐运使、盐法道掌盐政。运同、运副、运判，掌分司产盐处所，辅盐运使、盐法道以治其事。同知掌掣盐政令。提举治事如分司。场大使掌治盐场、池、井，分辖于运同、运判，统辖于运使或盐法道。
盐运使(从三品；又称盐司)：长芦(咸丰10年由直隶总督兼任)、两淮各1人，福建、四川、广东各1人由总督兼任，两浙、山西、云南各1人由巡抚兼任。
盐法道：江南、江西、福建、湖北、湖南、河南、山西、陕西、四川、广西、云南各1人，甘肃2人。兼分守地方者二，分巡地方者六。
运同(从四品)：长芦、山东、广东分司各1人。运副(从五品)：两浙分司1人。监掣同知(正五品)：山西、河东、两淮、淮南、淮北各1人。盐课提举司提举(从五品)：云南3人，分司石膏、黑盐、白盐三井。运判(从六品)：直隶蓟永分司、两淮海州通州泰州分司、两浙嘉松分司各1人。盐课司大使(正八品)：盐场各1人。
盐引批验所大使(正八品)：直隶2人，分驻小直沽、长芦；山东2人，分驻雒口、蒲台；两淮2人，分驻仪徵、淮安；四川3人，重庆、嘉定府经历各兼1人，遂宁县丞兼7人；两浙4人，杭州、绍兴、松江、嘉兴各1人；广东1人，驻西汇关。
库大使(从八品)：长芦、两淮、两浙、山东、广东各1人，隶盐运使；山西、福建、四川、云南各1人，隶盐法道。
经历(从七品)：长芦、两淮、两浙、山东、广东各1人，隶盐运使；山西1人，隶盐法道。
知事(从八品)：两淮、广东各1人。
巡检(从九品)：长芦1人，驻张家湾；两淮2人，分驻白塔河、乌沙河。山西2人，分驻盐池、长乐。
(六)道员衙门
道员本是藩、臬佐贰，明代道员分属两司，各有本身的官名。所谓某某道，是沿自元代行政区域名称。清初设布政使司左、右参政、参议，驻守在一定地方以管民政，称“分守道”，每省无定员；又设按察副使、佥事，分巡某一带地方或某一项事务，称“分巡道”。司、道本来平行，道实际上是省的派出行政机构，不能算正式行政区域，而且道员不一定都管地方行政。
乾隆18年(1753年)取消参政、参议、副使、佥事名称，守、巡两道一律称
“道员”，俱定为正四品。道员由临时差使变为了实官，脱离了藩、臬两司的关系，就直接成为司与府厅中间的一级。州县文书先申府，府申道，道送司，司再呈督、抚。此后，各道多加兵备衔，节制所辖境内都司、守备、千总、把总等武职，职权益重。
道员(正四品；又称观察、道台)，各掌分守、分巡及河务、粮、盐、茶，或兼水利、驿传，或兼关务、屯田；并佐籓、臬管理地方。省会所在地的道称首道，驻省城。清朝在全国设守道20人、巡道72人，另设津海关道1人(专掌关税，驻天津)。守道除有数省不设外，每省少者1人，多者3人。巡道除黑龙江不设外，各省一般是3-4人，最多有6人，但也仅有1人的。其他如专管海关道、河道、督粮道、盐法道等专职道员不在此内。
道员衙门内部人员，有典吏若干人(多则19人，少仅1-2人)，协助道员办事。有些道还设库大使(从九品)、仓大使、关大使，个别道还设攒典(《光绪会典事例·书吏事例》)。
(七)府、厅、州、县
清代州县制度极不健全，因而造成了地方吏治腐败。州县官无用人权，执行州县政务的全靠吏役。官署既无足够的办公费用，俸禄又极其微簿，吏役几乎等于没有工资。这样，非法营私便成为公开行为。上司及过路官员的供应索贿、各种临时任务的摊派，更使得州县官几乎成为专门侍应上司的官员。
不但州县官，就是知府也无权自辟属员，他据于州县之上，既不能直接执行职务，又须奉承督抚司道的颜色。但知府升迁比州县官略为容易些，一作州县官差不多就终身沦为下僚，而知府(尤其省城知府)则常有升道员的希望。
府、州、县官缺的好坏差别很大，所以督、抚和布政、按察两司就得费尽心机，加以“酌委”。苦缺无人肯任，就须预先许以调剂。肥缺人所必争，又须平沾利益。虽然府、州、县官基本是由吏部铨选，但也有由外补的，即使由吏部铨选，督、抚也有权加以调动。加上分发候补的人越来越多，都只要求署缺，而并不希望补缺，补缺之权在部，而署缺则督、抚，有极大的自由。此外，督、抚不但可以随时参劾属员，还能以用人地不宜为由予以调动(清制：本省人不能做本省官，即使不同省而离原籍在500里内，也须回避；又直系亲属在同一省做官的，职低者要回避职高者)，也能以留省察看的名义不许其到任。州县官若不合督、抚意，科甲出身者则以文理尚优为由，将其改任教职，所以地方官吏对于督、抚只好百般巴结，这几乎成为清代地方吏治的恶劣风气。
(1)知府衙门
唐宋时只限于在少数地区设府，而清代在全国普遍设府，自江南、陕
西、湖广分省，奉天、吉林、黑龙江、新疆建省，四川、云南改土归流，全国设215府。清代的府实际等于唐宋的州，但地位较唐宋为低。
知府(正四品，乾隆18年改从四品；又称太守、府台、黄堂或太尊)1人，为府的长官，“掌总领属县，宣布条教，兴利除害，决讼检奸。三岁察属吏贤否，职事修废，刺举上达，地方要政白督、抚，允乃行”(《清史稿·职官三》)。省会所在地的府称首府。
同知(正五品；又称二府、分府、司马)、通判(正六品；又称别驾、三府)无定员，“分掌粮盐督捕，江海防务，河工水利，清军理事，抚绥民夷诸要职”(《清史稿·职官三》)。
下属机构：
1.经历司：经历(正八品)、知事(正九品)各1人。
2.照磨所：照磨(从九品)1人。
3.司狱司：司狱(从九品)1人；江苏检校、贵州长官司吏目各2人。
4.府儒学：教授(正七品)、训导(从八品)各1人，掌教本府生员学习事务。
5.库大使、仓大使(从九品)、宣课司大使、税课司大使(从九品)、检校等官，视事务繁简而置，无定员。
6.僧纲司都纲、副都纲，道纪司都纪、副都纪各1人。
7.府医学正科、府阴阳学正术(兼辖星学)各1人。
(2)直隶厅与散厅
厅本不是固定的行政单位，因初期府同知、通判常派出分防，专管某些事务，其办事机构称厅，就逐渐成为固定的行政单位。此外，也在不宜设州置县的少数民族聚居区设厅，以同知、通判为长官。隶属知府的厅称散厅，与州县同级；布政司直辖的称直隶厅，与府、直隶州同级。清代在全国设直隶厅41个，各厅长官除甘肃的一个厅为通判(正六品)，其余都是同知(正五品)；散厅78个，其中48个厅的长官为同知、30个厅为通判。
各厅属官有经历、知事、照磨、库大使、司狱等，所掌略同于府属各官。但各官不是每厅均有设置，在7个省中有18个厅各设经历1人；仅湖南、云南有7个厅各设知事1人；在15省有35个厅各设照磨1人；仅山西绥远城厅设库大使1人；在7省有13个厅各设司狱1人。此外，各厅儒学分别置教授、学正、教谕、训导等，每厅仅设1人，掌本厅儒学事务。
(3)直隶州与散州
州是府属的地方行政单位，有的是因地而特设，有的是以重要的县改设，统称散州，与县同级。布政司直辖的称直隶州，都有属县，与府同级。州的长官都称知州，直隶州知州(正五品；又称州牧、刺史)，散州知州(从五品)。全国共有直隶州76个、散州48个。
直隶州与散州佐贰官：州同(从六品；又称州驾、州司马)、州判(从七品；又称称别驾)。直隶州州同相当于同知；散州州同则与州判分掌粮务、水利、海防、巡捕、管河等事。全
国共有直隶州州同20人、州判35人；散州州同32人、州判35人。散州或设州同1人，或仅设州判1人；只有个别州，同设州同、州判各1人，也有很多州不设州同、州判。
直隶州、散州属官：
1.吏目(从九品)1人
“掌司奸盗、察狱囚、典簿录”(《清史稿·职官三》)，也有个别州设2人，全国共有221人。
2.巡检司巡检(从九品；又称捕厅、巡政、分司)
掌缉捕盗贼，凡州县关津险要则置巡检司，管理当地治安等事，各省少者1-2人，多者10多人，全国共有123人；隶州、厅者则专司河防。
3.驿丞：掌管驿站的仪仗、车马、邮递及迎送官员事务，仅有6个省设州驿丞，共8人。
4.闸官：掌水闸启闭事务。
5.税课司大使：掌商税之事；
6.州儒学：学正(正八品)1人，或增设训导(从八品)1人，掌本州儒学事务。
7.典吏若干人，分吏、户、礼、兵、刑、工六房协助知州办事，最少4人，一般在10人以上，最多有20人。
8.道正司道正、僧正司僧正、州医学典科、州阴阳学典术各1人。
(4)知县衙门
县是最基层的地方行政组织，其长官称知县(正七品；又称明府、大令、宰、邑尊、邑宰、邑令、令尹、大尹)，“掌一县治理，决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。凡贡士、读法、养老、祀神、靡所不综”(《清史稿·职官三》)。清代有1369个县(《清史稿·职官三》载1358个，未计台湾省11个县)，光绪、宣统间又增置55个。知府所在地的县称首县。
县佐贰官：县丞(正八品；又称左堂、二尹、捕厅)1人、主簿(正九品；又称三尹)无定员，分掌粮马、征税、户籍、缉捕等；典史(又称捕厅、右堂、廉捕、少尉、少尹、少府)1人，掌稽检狱囚。事繁之县，县丞、主簿设置周全；事简之县，则不全设。全国共有县丞345人、主簿55人(乾隆间全国有县丞414人、主簿98人)。不设县丞、主簿的县，则由典史兼领其事。
县属官有巡检、驿丞、闸宫、税课司大使、河泊所大使(掌征鱼税)等，其职掌与州属官同。各县儒学一般都设有教谕(正八品)、训导(从八品)各1人，掌本县生员学习事务。县医学训科、县训术阴阳学、道会司道会、僧会司僧会各1人。
各县还设典吏若干人，分吏、户、礼、兵、刑、工六房，协助知县办事。每县少者5-6人，最多的有18人，一般都是12-14人。县丞、主簿及典史、巡检、儒学等，也各设攒典1人，协助办事。
县设道会司。县设僧会司。
(八)少数民族地区职官
(1)土司各官
土司、土府州县是管理少数民族地区的专门机构，职官通常由少数民族头人世袭。土司由军事部门管辖，如指挥使司、宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、
长官司等，长官为宣慰使、宣抚使、安抚使等；土府州县是由行政部门管辖，官员称土知府、土知县。
1.土司
指挥使司：指挥使(正三品)、指挥同知(从三品)、指挥佥事(正四品)。
宣慰使司：宣慰使(从三品)、宣慰同知(正四品)、副宣慰使(从四品)、宣慰佥事(正五品)。
宣抚使司：宣抚使(从四品)、宣抚同知(正五品)、副宣抚使(从五品)、宣抚佥事(正六品)。
安抚使司：安抚使(从五品)、安抚同知(正六品)、副安抚使(从六品)、安抚佥事(正七品)。
招讨使司：招讨使(从五品)、副招讨使(正六品)。
长官司：长官(正六品)、副长官(正七品)。
各司下又有：千户(正五品)、副千户(从五品)、百户(正六品)、百长(未入流)等官。
①甘肃指挥使司
指挥使8人、指挥同知7人、指挥佥事8人、千户7人、副千户2人、百户9人；西宁千户1人、百户23人、百长26人；西藏百户15人、百长52人。
②四川宣慰使司
宣慰使7人；宣抚使5人；安抚使16人、副使2人；长官37人、副长官1人；千户41人、百户159人。
③广西长官司：长官、副长官各2人。
④云南指挥使司
指挥使2人、指挥同知1人；宣慰使1人；宣抚使7人、副使3人；安抚使2人；长官3人、副长官2人、土千户1人。
⑤贵州长官司：长官65人；副长官司19人(邛水1人后改七品土官)。
2.土官
①四川：
土通判2人、土知事1人、土巡检2人、副巡检1人。土游击1人、土都司1人、屯守备12人、土千总7人、屯千总19人、土把总7人、屯把总34人。
②广西：
土知州25人、土州同1人、土知县4人、土州判1人、土巡检9人、从九品土官1人；不管理土峒者，正六品土官2人，从六品、正八品、正九品土官各1人，从九品土官1人，未入流土官2人。
③云南：
土知府2人、土同知1人、土知州4人、土州同3人、州同职衔1人、土州判2人、土知事1人、土县丞5人、土主簿2人、土典史1人、土巡检19人、土驿丞3人；其不管理苗裔村寨者，土通判2人、正八品土官1人。土都司1人、土守备5人、土千总18人、土把总36人；非世袭武职者，云南土守备3人、土千总7人、土把总15人、土官26人(初皆世袭，雍正2年改拔补)。
④贵州：
土同知2人、土通判1人、土推官1人、土县丞5人、土主簿2人、土吏目1人、土巡检2人；其不管理土峒者，正六品、正七品土官各1人，正八品土官3人，正九品、从九品土官各2人。土千总10人、土把总1人；其不管理村寨者，湖北世袭千总衔10人、把总衔5人，湖南千总衔13人、把总衔52人，贵州六品武土官2人、七品武土官4人。
⑤甘肃：土守备1人、土千总16人、土把总20人。
(2)回部(新疆)各官：光
绪10年，改建郡县，俱省。
1.总理回务扎萨克郡王1人、协理图撒拉克齐2人，驻哈密、辟展(今鄯善，维语为蒲昌)，封爵世袭。
2.阿奇木伯克，掌综回务：三品12人、四品8人、五品11人、六品7人。
3.伊什罕伯克，掌赞理回务：四品13人、五品1人、六品1人。
4.噶杂拉齐伯克，掌地亩粮赋：四品2人、五品7人、七品1人。
5.商伯克，掌征输粮赋：四品3人、五品8人、六品1人。
6.哈资伯克，掌平决诤讼：五品2人、六品25人、七品1人。7.斯帕哈资伯克，掌理头目诤讼：五品1人。
8.拉雅哈资伯克，掌理细民诤讼：五品1人。
9.密喇布伯克，掌水利：五品3人、六品13人、七品32人。
10.讷克布伯克，掌匠役营建：五品2人、七品6人。
11.帕提沙布伯克，掌巡缉狱囚：五品1人、六品2人、七品4人。
12.莫提色布依伯克，掌回族教法：五品1人、六品1人、七品4人。
13.密图瓦利伯克，掌田产税务：五品2人、七品3人。
14.柯勒克牙拉克伯克，掌商贾贸易：五品1人。
15.巴济吉尔伯克，掌理税务：六品3人、七品1人。
16.色迪尔伯克，掌襄理税务：七品3人。
17.阿尔巴布伯克，掌差役：六品2人、七品4人。
18.巴克玛塔尔伯克，掌果园：六品2人。
19.都管伯克，掌兵马粮饷、官物文移：六品3人、七品9人。
20.哈喇都管伯克，掌台站兵械：五品1人、七品3人。
21.明伯克，掌千户征输：六品8人、七品57人。
22.玉资伯克，掌百户征输：七品76人。
23.鄂尔沁伯克，掌数十人征输：六品1人。
24.杂布提墨克塔布伯克，掌教习经馆：六品1人。
25.哲伯伯克，掌修造甲械：六品1人。
26.色依得尔伯克，掌巡察道路、园林果木：六品1人。
27.什和勒伯克，掌驿馆米刍：六品2人、七品3人。
28.六品伯克，掌修坝管台：27人。
29.七品伯克，掌司台站：3人。
30.采铅伯克：五品1人。
31.挖铜伯克3人、采铜伯克3人、管铜伯克2人，俱七品，并随事为员，由办事大臣疏请。
(3)籓属各官
1.蒙古
札萨克(旗长)每旗1人，根据清廷的规定和法令处理旗务，旗内土地、属民由札萨克支配，并接受清廷监督。不置扎萨克的旗，隶属将军、都统及大臣。札萨克之下设协理台吉2-4人(唯土默特左翼旗、喀喇沁三旗称塔布囊)，以王、贝勒、贝子、公、台吉担任，帮办旗务；管旗章京、副章京(梅伦)、笔帖式等，协理旗务。旗下按丁数编为佐领，为基本军事单位。每佐领设佐领1人、骁骑校6人，辖旗丁150-250人，审理丁册，征收税课、排解纠纷、传递信件及征发人丁。佐领之下设骁骑校、领催，协助佐领办理军政事务。每6佐领设参领1人统辖。在佐之下，每10户设什长1人，为最低一级行政单位的
管理人。参领、佐领、骁骑校较内地同名官低一级，各官都从本旗台吉内选充。
清统治者为了不使各旗札萨克享有独立权力，订出会盟制度，在旗之上设盟，合数旗而成。盟不是实质性的管理单位，只是一种实行监督的组织，一般不设办理盟务的衙门。只是在盟内各旗会盟时“简军实、阅边防、理讼狱、审丁册”。盟设正、副盟长各1人，每3年会盟1次，各盟均有固定会盟地。盟长由理藩院于盟内各旗札萨克中选人由清帝任命兼摄。盟长的主要任务是充当会盟召集人，不能直接干预各旗内部事务，也无权擅自发布政令，只是对各旗札萨克起监督作用，并充当各旗札萨克与清政府的中间人。蒙古旧有的部，只在名义上保存下来，不具有任何行政职能。
内札萨克蒙古24部：科尔沁部(6旗)、扎赉特部(1旗)、杜尔伯特部(1旗)、郭尔罗斯部(2旗)、敖汉部(1旗)、奈曼部(1旗)、巴林部(2旗)、扎鲁特部(2旗)、阿鲁科尔沁部(1旗)、翁牛特部(2旗)、克什克腾部(1旗)、喀尔喀左翼部(1旗)、喀喇沁部(3旗)、土默特部(2旗)、乌珠穆沁部(2旗)、浩齐特部(2旗)、苏尼特部(2旗)、阿巴噶部(2旗)、阿巴哈纳尔部(2旗)、四子部落(1旗)、茂明安部(1旗)、乌喇特右翼部(1旗)、乌喇特部(3旗)、鄂尔多斯部(7旗)。
外札萨克蒙古喀尔喀4部：土谢图汗部(20旗)、赛音诺颜亲王部(22旗)、车臣汗部(23旗)、扎萨克图汗部(17旗)，各部汗为本旗札萨克，其余各旗札萨克归本部汗统辖。
青海5部：厄鲁特部(21旗)、游牧绰罗斯部(2旗)、辉特部(1旗)、土尔扈特部(1旗)、喀尔喀部(1旗)。
另有：贺兰山厄鲁特部(1旗)、杜尔伯特部(14旗)、额济讷土尔扈特部、土尔扈特部、和硕特部、辉特部、绰罗斯部、额鲁特部、哈密部(1旗)、吐鲁番部(1旗)。
别于蒙古者：和托辉特部、哈柳沁部、托斯部、奢集努特部、古罗格沁部。
2.西藏
达赖喇嘛1人(驻拉萨)，掌全藏政令；班禅喇嘛1人(驻扎什伦布)，掌后藏寺院与其教民；两者均受驻藏大臣监督。乾隆57年噶布伦以下归驻藏大臣管辖。
综理政务官：辅国公1人、一等台吉1人、前藏唐古特三品噶布伦4人(喇嘛1人，喇嘛为官均无顶戴)，掌综理藏务；藏地分卫(前藏)、藏(后藏)、喀木(康)、阿里四部，各置噶布伦治其地，职任尤重。
佐理国事官：四品仔琫3人，掌稽商上(喇嘛库藏出纳之所)事务；四品商卓特巴3人，掌库务；五品叶尔仓巴2人，掌粮务；五品朗仔辖2人，掌治拉萨番民；五品协尔帮2人，掌刑名；五品硕第巴2人，掌治布达拉番民；六品达琫2人，掌马厂；六品大中译2人，六品卓尼尔、七品小中译各3人，择东科译言世家
子弟优秀者担任，并掌噶厦(噶布伦议事之所)事务。
各城典兵官：四品戴琫6人、五品如琫12人、六品甲琫24人、七品定琫120人；第巴13人、管草1人，糌粑、柴、帐房各2人，门、牛羊厂各3人。
各城治民官：五品边营官23人(喇嘛1人)、大营官19人(喇嘛4人)、六品中营官59人(喇嘛7人)、七品小营官25人(喇嘛9人)；后藏唐古特三品大营官4人(喇嘛3人)、六品中营官17人(喇嘛15人)、七品小营官16人(喇嘛14人)。
僧官(专司教事)：国师、禅师、扎萨克大喇嘛、扎萨克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛，均受堪布监督。
在清代前期，总督、巡抚所辖省区还未十分确定。中期以后，才确定设8督16抚。督、抚的职权也随着时代而有不同。前期督权远过抚权，总督兼辖区域有2-3省的，如两江总督辖江苏、安徽、江西；与总督同驻一城的巡抚与总督之间经常发生摩擦并相互牵制(如两广总督与广东巡抚同驻广州)，巡抚仅守虚名，分省的军政、民事也由总督主裁。咸丰年间，巡抚职权渐重。光绪年间为解决督抚同城的矛盾，裁撤了同城巡抚衙门，以总督兼巡抚职；但分省巡抚之权几乎等同于总督，所谓总督兼辖不过奉行文书而已。宣统年间，军政、盐政集于中央，督、抚之权渐轻。
清代总督衔称与明代有异，如直隶本不是省区名，而以直隶总督为各省总督领袖；又如四川总督皆兼巡抚事，为有督无抚的省区。而总督、巡抚带兵部、都察院衔，似乎是唐代观察使带台省官的遗制，但又有不同，唐代观察使是差遣，而清代总督、巡抚已变为实官，带部院衔是藉以表示为朝廷特派的部院大臣，非此即不能兼辖文武，行使监察权，使地方官吏一律听其命令。
巡捕为总督、巡抚、将军的随从官，分文武两种。文巡捕以本省佐杂官充任，武巡捕以本省低级武官充任，负责传宣、防卫。钦差官如主考、学政也有临时的巡捕，由督、抚指派。
总督、巡抚衙门中草拟文牍、掌管档案的幕僚。在“内签押房”(即机要办公室，签署文件)办公的，与长官关系密切，得预闻机要，称“内文案”。
戈什哈为清代高级官员的侍从武弁，简称“戈什”，满语护卫之意。总督、巡抚、将军、都统、提督、总兵等官属下均设有此职。
(1)总督衙门
清沿明制划全国为若干大区，每区设总督(正二品；加衔至从一品)1人，“掌厘治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆”(《清史稿·职官三》)；乡试充监临官，武科充主试官；其属下文职道府以下、武职副将以下均由总督奏请升调免黜。其官品高于巡抚，节制巡抚，但两者并无隶属关系。
康熙31年定总督加衔制：由各部左、右侍郎授总督者，改兵部左、右侍郎衔(从二品)；由巡抚授总督者，加兵部右侍郎兼右副都御史衔(正三品)。乾隆13年定大学士兼管总督者仍带原衔，14年改授总督右都御史衔(从一品)，其兵部尚书衔(从一品)由吏部疏请定夺。嘉庆14年定以二品顶戴授总督者兼兵部侍郎衔，待升品秩再加尚书衔。光绪32年改定总督加陆军部尚书衔。宣统2年废总督加衔制。
乾隆18年因漕运总督、河道总督无地方之责，授衔视同巡抚。嘉庆12年定由尚书授漕、河总督者，应否兼兵部尚书衔，也由吏部疏请定夺。
总督在明代也称总制，所以清代一般还称总督为制台。因兼兵部尚书衔，自称部堂；因兼提督军务衔，辖制军旅，称制军、大帅和总制；因其节制文武各官，并兼右都御史衔，又称制宪、督宪。而督抚仍用钦差官的体制，不给印绶而给关防，自称部堂、部院，而不单称总督、巡抚。
各省总督除节制辖区内提督、总兵所辖军队外，又各有直属军队，名为“督标”。各督标营设有副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等官。一般有中、左、右3营，也有中、左、右、前、后5营的，有的省还设“城守营”，闽浙更特设水师营和海防营。各省督标兵额不同，两江虽仅3营(中、左营及江宁城守营)而兵额最多，有4000余人；陕甘、两湖最少，仅1000余人；其他则2千多、3千多不等。
1.直隶总督(总督直隶等处地方提督军务、粮饷、管理河道兼巡抚事；辖今河北省及内蒙古一部)
顺治5年置直隶、山东、河南三省总督，驻大名；15年改为直隶巡抚，17年移驻真定；18年又置总督，驻大名。康熙8年罢三省总督，移直隶巡抚还驻保定；54年加直隶巡抚以总督衔，但非常例。雍正元年诏嘉李维钧勤慎，特授总督，从此定制。乾隆14年令兼河道；28年诏依四川例，兼管巡抚事。咸丰3年兼管长芦盐政。同治9年加三口通商事务，授为北洋通商大臣，驻天津；冬季封河，还驻保定。
2.两江总督(总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务；辖今江苏、安徽、江西)
顺治2年以内阁大学士洪承畴总督军务，招抚江南各省；4年置江南、江西、河南三省总督，驻江宁；9年移驻南昌，时号江西总督，后又驻江宁；18年分置江南、江西总督。康熙元年加江南总督操江事务。康熙4年合并江南、江西总督，13年又分置，21年又合并，定名为两江总督。雍正元年以两江总督综治江苏、安徽、江西三省，加兵部尚书兼右都御史衔。道光11年兼两淮盐政。同治5年加五口通商事务，授为南洋通商大臣。
3.陕甘总督(总督陕甘等处地方提督军务、粮饷、管理茶马兼巡抚事；辖今陕西、甘肃、新疆)
顺治元年置陕西总督，驻固原，兼辖四川；14年移驻汉中。康熙3年更名山陕总督，兼辖山西，还驻西安；14年改为陕甘总督，在山西另置总督；19年罢山西总督，归并山西，仍改陕甘为山陕。雍正元年以陕甘总督综治陕西、甘肃、四川三省，加兵部尚书兼右都御史衔；3年授兵部尚书岳锺琪为总督，之前定为满缺，参用汉人自此始；9年改专辖陕、甘；14年又辖四川，更名川陕甘总督。乾隆13年用兵西北，仍置陕西总督；19年省甘肃巡抚，移陕甘总督驻兰州，兼甘肃巡抚
事；24年另置甘肃总督，兼辖陕西，驻肃州；移川陕总督驻四川；后又定名陕甘总督，还驻兰州，仍兼巡抚事。光绪8年新疆建行省，又兼辖新疆。
4.闽浙总督(总督闽浙等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今福建、台湾、浙江)
顺治2年置福建总督，驻福州，兼辖浙江；5年更名浙闽总督，移驻衢州，兼辖福建；15年两省分置总督，福建总督驻漳州，浙江总督驻温州。康熙11年移福建总督驻福州，12年裁浙江总督；26年改福建总督为福建浙江总督。雍正5年特授李卫总督浙江，整饬军政吏治，并兼巡抚事；郝玉麟以浙闽总督专辖福建；12年裁浙江总督，仍合并。乾隆元年诏依李卫例，特授嵇曾筠为浙江总督，郝玉麟仍专辖福建；3年嵇曾筠入阁，郝玉麟仍总督闽、浙，从此定制。光绪11年省福建巡抚，并兼巡抚事。
5.湖广总督(总督湖北湖南等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今湖南、湖北)
顺治元年置湖广总督，驻武昌。康熙7年裁，9年复置；19年改川湖总督为湖广总督，还驻武昌；26年更名湖北湖南总督。光绪30年兼湖北巡抚事。
6.四川总督(总督四川等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今四川)
顺治元年置四川巡抚，驻成都，不置总督；10年以川省兵马钱粮皆从陕西调发，诏陕西总督孟乔芳兼督四川；14年停陕督兼辖，专置四川总督，驻重庆。康熙7年更名川湖总督，徙荆州；9年还驻重庆；13年四川省会另置总督1人；19年省归隶陕甘总督，其川湖总督省归湖广总督兼理。雍正9年复置，驻成都；13年又裁。乾隆13年用兵金川，始定为专缺，兼管巡抚事；24年兼辖陕西，后停兼辖。宣统元年以将军所辖松潘镇、建昌镇，阜和协所属各营，建昌道、松茂道所属府、厅、州、县、改隶四川总督。
7.两广总督(总督两广等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今广东、广西及海南岛等地)
顺治元年置广东总督，驻广州，兼辖广西；12年移驻梧州。康熙2年另置广西总督，移广东总督驻廉州；3年仍合并，驻肇庆。雍正元年复分置，2年仍合；7年因苗人反叛，令云贵总督兼辖广西；12年仍隶广东。光绪31年兼广东巡抚事。
8.云贵总督(总督云贵等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事；辖今云南、贵州)
顺治16年置经略，后改总督，两省互驻。康熙元年分置云南总督，驻曲靖；贵州总督，驻安顺；3年仍合并，移驻贵阳；12年仍分置，后合并；26年移驻云南府。雍正10年嘉鄂尔泰才，以云贵总督兼制广西，给三省总督印；12年仍辖两省，以经略苗疆，授张广泗为贵州总督兼巡抚事，尹继善为云南总督，专辖云南；后合并。光绪31年兼云南巡抚事。
9.东三省总督(总督东三省等处地方兼管三省将军、奉天巡抚事；辖今辽宁、吉林、黑龙江)
康熙元年各设将军管辖奉天、吉林、黑龙江三省。光绪2年兼管盛京兵部、刑部及府尹，以兵部尚书、右都御史衔行总督事。光绪32年(1906年)奉天、吉林、黑龙江建为行省，各置巡抚1人，改盛京将军为东三省总督，授为钦差大臣，并兼管三省将军事务，随时分驻三省行台。宣统2年兼奉天巡抚事，省巡抚。
10.漕运总督(标下官同总督)
顺治元年遣御史巡漕，后置总督，驻淮安；6年兼凤庐巡抚事，16年停兼职。康熙21年定粮艘过淮，总漕随运述职。咸丰10年令节制江北镇、道各官。光绪30年以淮、徐盗警，改置巡抚，31年裁。
11.河道总督(掌治黄河、运河、永定河河渠疏浚及堤防；别称河台)
江南河道总督(简称南河)1人，山东河南河道总督1人(简称东河)，标下官同总督；直隶河道总督以直隶总督兼理(简称北河)。所属有河库道、河道；管河同知、通判。
顺治元年置总河，驻济宁。康熙16年移驻清江浦；27年还驻济宁，令协理侍郎开音布等驻其地；31年总河并驻济宁；39年裁协理；44年兼理山东河道。雍正2年置副总河，驻武陟，专理北河；7年改总河为总督江南河道，驻清江浦(今江苏清江)，副总河为总督河南山东河道，驻济宁，分管南北两河；8年增置直隶正、副总河，为河道水利总督，驻天津(从此北河、南河、东河为三督)；9年置北河副总河，驻固安，并置东河副总河，移南河副总河驻徐州；12年移东河总督驻兗州。乾隆2年省副总河，之后省置无恒；14年省直隶河道总督。咸丰8年省南河河道总督。光绪24年省东河河道总督，后复置；28年又省，从此无专官掌河务。
(2)巡抚衙门
各省设巡抚(从二品；加衔至正二品)1人为一省行政长官，掌考察全省地方官员并本省关税、漕政等，若用兵则督理粮饷；兼提督衔则节制本省各镇总兵；乡试充监临官，武科充主试官。其职权稍次于总督，不受总督节制之省，则巡抚独当一面。
雍正元年(1723年)定巡抚加衔制：由侍郎授巡抚者，改兵部右侍郎(从二品)兼右副都御史衔(正三品)；由学士、左副都御史及卿员、布政使等官授巡抚者，俱为右副都御史衔；由左佥都御史或四品京堂、按察使等官授巡抚者，俱为右佥都御史衔。乾隆14年定巡抚不由侍郎授者，俱兼右副都御史衔；其兵部侍郎衔，由吏部疏请定夺。光绪32年改定巡抚加陆军部侍郎衔。宣统2年废巡抚加衔制。
巡抚俗称抚台，因兼兵部侍郎，自称部院；因兼右副都御史衔，称中丞、抚宪；因兼提督军务衔，辖制军旅，称抚军；因其
节制文武各官，又称抚院。
清初只有个别巡抚兼提督军务衔，之后逐渐增多。到光绪年间，所有巡抚均兼提督军务衔，并都加兼理粮饷衔。各省巡抚都有直属军营，名为“抚标”，一般有左、右2营(有几省设有城守营或捕盗营)，最多为4营，其兵额以新疆最多，达6000余人；湖南最少，仅700余人。一般为1000-2000多人不等。各抚标设有参将、游击、都司等官。
各省巡抚衙门内部组织，仅有书吏人员，且以陕西、贵州两省最多，各有40人；其次新疆有36人；一般省份则为20人左右。光绪33年(1907年)依安徽巡抚冯煦奏，各省巡抚衙门增设交涉、吏、民、度支、礼、学、军政、法、农工商、邮传十科，各置秘书、助理秘书、参事等职，并设会议厅，佐理文牍，分科办事。
江苏、安徽、河南、山东、陕西、甘肃、浙江、湖南、湖北、广东、云南、贵州、福建、江西。奉天、吉林、黑龙江三省的督抚一直到1907年才设置。直隶、四川两省只设总督，不设巡抚。甘肃巡抚于1754年撤去，由陕甘总督兼任。1884年建新疆省，始设甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。1885年台湾建省，改福建巡抚为台湾巡抚，驻台北，福建巡抚由闽浙总督兼任。其余各省则督抚并置。
1.江苏巡抚(巡抚江苏等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置江南巡抚，驻苏州，辖江宁、苏州、松江、常州、镇江五府；18年江南分省，更名江苏巡抚。
2.安徽巡抚(巡抚安徽等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置操江兼巡抚安徽徽、宁、池、太、广，驻安庆。康熙元年省操江，所部12营改隶总督，始置安徽巡抚。嘉庆8年因距寿春镇窎远，加提督衔。
3.山西巡抚(巡抚山西等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置巡抚，驻太原，提督雁门等关。雍正12年管理提督事务，节制通省武弁。
4.河南巡抚(巡抚河南等处地方提督军务、粮饷兼理河道、屯田)
顺治元年置，驻开封。康熙17年定管理河南岁修工程。雍正4年加总督衔，不为常例。后裁，13年复置。乾隆5年因盗警，加提督衔。
5.山东巡抚(巡抚山东等处地方提督军务、粮饷兼理营田)
顺治元年置，驻济宁；海防巡抚驻登州，9年裁。康熙44年管理山东河道；53年兼临清关务。乾隆8年依山西、河南例，加提督衔。
6.陕西巡抚(巡抚陕西等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置，驻西安，定为满缺。雍正9年以兵部尚书史贻直署巡抚，自此始参用汉人。
7.浙江巡抚(巡抚浙江等处地方提督军务、节制水陆各镇兼理粮饷)
顺治元年置，驻杭州。雍正5年改总督，13年仍为巡抚，兼总督衔。乾隆元年复
置总督，3年仍为巡抚。
8.江西巡抚(巡抚江西等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置，驻南昌，辖十一府。康熙3年兼辖南安、赣州。乾隆14年加提督衔。
9.湖南巡抚(巡抚湖南等处地方提督军务、节制各镇兼理粮饷)
顺治元年置偏沅巡抚，驻偏桥镇。康熙3年湖南分省，移驻长沙。雍正2年更名湖南巡抚，令节制各镇。
10.湖北巡抚(巡抚湖北等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置湖广巡抚，驻武昌。康熙3年更名湖北巡抚。光绪24年省，后复置；32年又省。
11.广东巡抚(巡抚广东等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置，驻广州。雍正2年兼太平关务。光绪24年省，后复置；31年因广西军务平，又省。
12.广西巡抚(巡抚广西等处地方提督军务兼理粮饷加节制通省兵马衔)
顺治元年置，驻桂林；6年省凤阳巡抚标兵，归隶广西巡抚。雍正9年令节制通省兵马。
13.云南巡抚(巡抚云南等处提督军务兼理粮饷)
顺治元年置，驻云南府。雍正4年命江苏布政使鄂尔泰为巡抚，兼总督事；10年升总督，兼巡抚事；张广泗继任，亦兼巡抚。乾隆12年始授图尔炳阿为巡抚。光绪24年省，后复置；30年又省。
14.贵州巡抚(巡抚贵州等处地方提督军务兼理粮饷加节制通省兵马衔)
顺治15年置，18年停提督军务。乾隆12年因苗患复置，13年加爱必达节制通省兵马衔；18年著为例。
15.台湾巡抚(巡抚台湾等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置福建巡抚，驻福州。光绪元年移驻台北，11年台湾建行省，改福建巡抚为台湾巡抚，兼学政，福建巡抚事归闽浙总督兼管；21年弃台湾，省巡抚。
16.新疆巡抚(巡抚新疆等处地方提督军务兼理粮饷)
顺治元年置甘肃巡抚，驻甘州卫(雍正2年改卫为府)；5年移驻兰州。康熙元年移驻凉州卫，后改卫为府；5年还驻兰州，后改驻巩昌；19年仍回兰州；44年兼管茶马事。乾隆19年省，移陕甘总督来驻，兼巡抚事。光绪10年新疆建行省，置甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。
(三)提督学政
每省1人，从侍郎、京堂、翰、詹、科、道、部属等官进士出身人员内简用，各带原衔品级，掌学校政令，岁、科两试。巡历各地，察师儒优劣，生员勤惰，升其贤者能者，斥其不帅教者。凡有兴革，会督、抚行之。
(四)藩、臬衙门
藩、臬两司是宋代转运使及提刑的残余痕迹，被认为是一省的正式长官，而督、抚则是特派员，所以明制藩、臬要定期朝觐。康熙时废去此制，藩、臬不再有直达皇帝之权(特殊情况例外)。乾隆以后，督、抚成为固定的封疆大吏，变为正式长官，而藩、臬便失去行政独立性，降为
督、抚的属员。督、抚虽无权撤销藩、臬的职务，但可以在年终密考折内出具考语，朝廷总是根据考语加以处分的。不过今日的藩、臬即未来的督、抚，故除非不得已，督、抚也不会轻易举劾。
(1)承宣布政使司
清初各省设左、右布政使各1人，左、右参政、参议因事酌置，守道并兼参政、参议衔。但直隶不置布政使，置口北道1人司度支，兼山西布政使衔；贵州事简，不置右布政使。雍正2年改直隶守道为布政使。顺治18年(1661年)分江南布政使司为江苏、安徽布政使司。康熙2年(1663年)分陕西布政使司为陕西、甘肃布政使司，3年又分湖广布政使司为湖北、湖南布政使司。乾隆18年停各省守道兼布政使、参政、参议衔。
康熙6年(1667年)去左、右系衔，每省只设布政使1人；惟江苏设布政使2人：一驻江宁(辖江、淮、扬、徐、通、海六府)；一驻苏州(辖苏、松、常、镇、太五府)。光绪10年(1884年)新疆建行省，增设甘肃新疆布政使1人，驻乌鲁木齐；13年(1887年)台湾建行省，增置福建台湾布政使1人，驻台北；21年(1895年)日本侵占台湾，裁撤台湾布政使。
布政使俗称藩司(从二品；又称方伯、藩台、藩司、东司)，其品级与巡抚同，掌一省行政和财赋出纳，向府州县宣布国家政令(故称承宣布政使司)；提调乡试；每10年向户部汇报全省户籍、税役、民数、田数；各项重要政务，报于督抚议行。布政使与按察使合称“两司”，与督抚、按察使合称“三大宪”。
下属机构：
1.经历司：掌收发文书；经历(正六品)1人，江宁、苏州、湖南、甘肃不置；都事(从七品)福建、河南各1人。
2.照磨所：照磨(从八品)1人，掌照刷案卷(检察文书效率)，浙江、福建、湖北、山西、四川、甘肃各1人。
3.库大使(正八品)1人，掌库藏出纳；仓大使(从九品)1人，掌稽查粮仓。因时因地，省置无恒。
(2)提刑按察使司
清初各省设按察使1人，副使、佥事因事酌置，巡道并兼副使、佥事衔。但直隶不置按察使，置大名巡道兼河南按察使衔，通永天津巡道兼山东按察使衔，霸昌井陉巡道兼山西按察使衔，雍正2年改直隶巡道为按察使。乾隆18年停各省巡道兼按察使、副使、佥事衔。
按察使(正三品；又称臬台、臬司、廉访、西司)每省1人，“掌振扬风纪，澄清吏治。所至录囚徒，勘辞状，大者会藩司议，以听于部、院。兼领全省驿传。乡试充监试官，大计(指考察京外官员)充考察官，秋审充主稿官”(《清史稿·职官三》)。
下属机构：
1.经历司：
经历(正七品)1人，掌收发文书，安徽、湖南、甘肃、贵州不置；知事(正八品)1人，掌勘察刑名，江西、福
建、山西、广东、广西各1人。
2.照磨所：照磨(正九品)1人，掌照刷案卷(检察文书效率)，安徽、福建、浙江、湖南、甘肃、贵州各1人。
3.司狱司：司狱1人(从九品)，掌检察系囚。因时因地，省置无恒。
(五)都转盐运使司
清初沿明制，差御史巡视盐课。后改由盐政官管理，盐政官均特旨兼充。都察院御史巡盐，也加盐政衔；由内务司官充盐政官，仍带御史衔；各省以督、抚综理盐政。
盐运使、盐法道掌盐政。运同、运副、运判，掌分司产盐处所，辅盐运使、盐法道以治其事。同知掌掣盐政令。提举治事如分司。场大使掌治盐场、池、井，分辖于运同、运判，统辖于运使或盐法道。
盐运使(从三品；又称盐司)：长芦(咸丰10年由直隶总督兼任)、两淮各1人，福建、四川、广东各1人由总督兼任，两浙、山西、云南各1人由巡抚兼任。
盐法道：江南、江西、福建、湖北、湖南、河南、山西、陕西、四川、广西、云南各1人，甘肃2人。兼分守地方者二，分巡地方者六。
运同(从四品)：长芦、山东、广东分司各1人。运副(从五品)：两浙分司1人。监掣同知(正五品)：山西、河东、两淮、淮南、淮北各1人。盐课提举司提举(从五品)：云南3人，分司石膏、黑盐、白盐三井。运判(从六品)：直隶蓟永分司、两淮海州通州泰州分司、两浙嘉松分司各1人。盐课司大使(正八品)：盐场各1人。
盐引批验所大使(正八品)：直隶2人，分驻小直沽、长芦；山东2人，分驻雒口、蒲台；两淮2人，分驻仪徵、淮安；四川3人，重庆、嘉定府经历各兼1人，遂宁县丞兼7人；两浙4人，杭州、绍兴、松江、嘉兴各1人；广东1人，驻西汇关。
库大使(从八品)：长芦、两淮、两浙、山东、广东各1人，隶盐运使；山西、福建、四川、云南各1人，隶盐法道。
经历(从七品)：长芦、两淮、两浙、山东、广东各1人，隶盐运使；山西1人，隶盐法道。
知事(从八品)：两淮、广东各1人。
巡检(从九品)：长芦1人，驻张家湾；两淮2人，分驻白塔河、乌沙河。山西2人，分驻盐池、长乐。
(六)道员衙门
道员本是藩、臬佐贰，明代道员分属两司，各有本身的官名。所谓某某道，是沿自元代行政区域名称。清初设布政使司左、右参政、参议，驻守在一定地方以管民政，称“分守道”，每省无定员；又设按察副使、佥事，分巡某一带地方或某一项事务，称“分巡道”。司、道本来平行，道实际上是省的派出行政机构，不能算正式行政区域，而且道员不一定都管地方行政。
乾隆18年(1753年)取消参政、参议、副使、佥事名称，守、巡两道一律称
“道员”，俱定为正四品。道员由临时差使变为了实官，脱离了藩、臬两司的关系，就直接成为司与府厅中间的一级。州县文书先申府，府申道，道送司，司再呈督、抚。此后，各道多加兵备衔，节制所辖境内都司、守备、千总、把总等武职，职权益重。
道员(正四品；又称观察、道台)，各掌分守、分巡及河务、粮、盐、茶，或兼水利、驿传，或兼关务、屯田；并佐籓、臬管理地方。省会所在地的道称首道，驻省城。清朝在全国设守道20人、巡道72人，另设津海关道1人(专掌关税，驻天津)。守道除有数省不设外，每省少者1人，多者3人。巡道除黑龙江不设外，各省一般是3-4人，最多有6人，但也仅有1人的。其他如专管海关道、河道、督粮道、盐法道等专职道员不在此内。
道员衙门内部人员，有典吏若干人(多则19人，少仅1-2人)，协助道员办事。有些道还设库大使(从九品)、仓大使、关大使，个别道还设攒典(《光绪会典事例·书吏事例》)。
(七)府、厅、州、县
清代州县制度极不健全，因而造成了地方吏治腐败。州县官无用人权，执行州县政务的全靠吏役。官署既无足够的办公费用，俸禄又极其微簿，吏役几乎等于没有工资。这样，非法营私便成为公开行为。上司及过路官员的供应索贿、各种临时任务的摊派，更使得州县官几乎成为专门侍应上司的官员。
不但州县官，就是知府也无权自辟属员，他据于州县之上，既不能直接执行职务，又须奉承督抚司道的颜色。但知府升迁比州县官略为容易些，一作州县官差不多就终身沦为下僚，而知府(尤其省城知府)则常有升道员的希望。
府、州、县官缺的好坏差别很大，所以督、抚和布政、按察两司就得费尽心机，加以“酌委”。苦缺无人肯任，就须预先许以调剂。肥缺人所必争，又须平沾利益。虽然府、州、县官基本是由吏部铨选，但也有由外补的，即使由吏部铨选，督、抚也有权加以调动。加上分发候补的人越来越多，都只要求署缺，而并不希望补缺，补缺之权在部，而署缺则督、抚，有极大的自由。此外，督、抚不但可以随时参劾属员，还能以用人地不宜为由予以调动(清制：本省人不能做本省官，即使不同省而离原籍在500里内，也须回避；又直系亲属在同一省做官的，职低者要回避职高者)，也能以留省察看的名义不许其到任。州县官若不合督、抚意，科甲出身者则以文理尚优为由，将其改任教职，所以地方官吏对于督、抚只好百般巴结，这几乎成为清代地方吏治的恶劣风气。
(1)知府衙门
唐宋时只限于在少数地区设府，而清代在全国普遍设府，自江南、陕
西、湖广分省，奉天、吉林、黑龙江、新疆建省，四川、云南改土归流，全国设215府。清代的府实际等于唐宋的州，但地位较唐宋为低。
知府(正四品，乾隆18年改从四品；又称太守、府台、黄堂或太尊)1人，为府的长官，“掌总领属县，宣布条教，兴利除害，决讼检奸。三岁察属吏贤否，职事修废，刺举上达，地方要政白督、抚，允乃行”(《清史稿·职官三》)。省会所在地的府称首府。
同知(正五品；又称二府、分府、司马)、通判(正六品；又称别驾、三府)无定员，“分掌粮盐督捕，江海防务，河工水利，清军理事，抚绥民夷诸要职”(《清史稿·职官三》)。
下属机构：
1.经历司：经历(正八品)、知事(正九品)各1人。
2.照磨所：照磨(从九品)1人。
3.司狱司：司狱(从九品)1人；江苏检校、贵州长官司吏目各2人。
4.府儒学：教授(正七品)、训导(从八品)各1人，掌教本府生员学习事务。
5.库大使、仓大使(从九品)、宣课司大使、税课司大使(从九品)、检校等官，视事务繁简而置，无定员。
6.僧纲司都纲、副都纲，道纪司都纪、副都纪各1人。
7.府医学正科、府阴阳学正术(兼辖星学)各1人。
(2)直隶厅与散厅
厅本不是固定的行政单位，因初期府同知、通判常派出分防，专管某些事务，其办事机构称厅，就逐渐成为固定的行政单位。此外，也在不宜设州置县的少数民族聚居区设厅，以同知、通判为长官。隶属知府的厅称散厅，与州县同级；布政司直辖的称直隶厅，与府、直隶州同级。清代在全国设直隶厅41个，各厅长官除甘肃的一个厅为通判(正六品)，其余都是同知(正五品)；散厅78个，其中48个厅的长官为同知、30个厅为通判。
各厅属官有经历、知事、照磨、库大使、司狱等，所掌略同于府属各官。但各官不是每厅均有设置，在7个省中有18个厅各设经历1人；仅湖南、云南有7个厅各设知事1人；在15省有35个厅各设照磨1人；仅山西绥远城厅设库大使1人；在7省有13个厅各设司狱1人。此外，各厅儒学分别置教授、学正、教谕、训导等，每厅仅设1人，掌本厅儒学事务。
(3)直隶州与散州
州是府属的地方行政单位，有的是因地而特设，有的是以重要的县改设，统称散州，与县同级。布政司直辖的称直隶州，都有属县，与府同级。州的长官都称知州，直隶州知州(正五品；又称州牧、刺史)，散州知州(从五品)。全国共有直隶州76个、散州48个。
直隶州与散州佐贰官：州同(从六品；又称州驾、州司马)、州判(从七品；又称称别驾)。直隶州州同相当于同知；散州州同则与州判分掌粮务、水利、海防、巡捕、管河等事。全
国共有直隶州州同20人、州判35人；散州州同32人、州判35人。散州或设州同1人，或仅设州判1人；只有个别州，同设州同、州判各1人，也有很多州不设州同、州判。
直隶州、散州属官：
1.吏目(从九品)1人
“掌司奸盗、察狱囚、典簿录”(《清史稿·职官三》)，也有个别州设2人，全国共有221人。
2.巡检司巡检(从九品；又称捕厅、巡政、分司)
掌缉捕盗贼，凡州县关津险要则置巡检司，管理当地治安等事，各省少者1-2人，多者10多人，全国共有123人；隶州、厅者则专司河防。
3.驿丞：掌管驿站的仪仗、车马、邮递及迎送官员事务，仅有6个省设州驿丞，共8人。
4.闸官：掌水闸启闭事务。
5.税课司大使：掌商税之事；
6.州儒学：学正(正八品)1人，或增设训导(从八品)1人，掌本州儒学事务。
7.典吏若干人，分吏、户、礼、兵、刑、工六房协助知州办事，最少4人，一般在10人以上，最多有20人。
8.道正司道正、僧正司僧正、州医学典科、州阴阳学典术各1人。
(4)知县衙门
县是最基层的地方行政组织，其长官称知县(正七品；又称明府、大令、宰、邑尊、邑宰、邑令、令尹、大尹)，“掌一县治理，决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。凡贡士、读法、养老、祀神、靡所不综”(《清史稿·职官三》)。清代有1369个县(《清史稿·职官三》载1358个，未计台湾省11个县)，光绪、宣统间又增置55个。知府所在地的县称首县。
县佐贰官：县丞(正八品；又称左堂、二尹、捕厅)1人、主簿(正九品；又称三尹)无定员，分掌粮马、征税、户籍、缉捕等；典史(又称捕厅、右堂、廉捕、少尉、少尹、少府)1人，掌稽检狱囚。事繁之县，县丞、主簿设置周全；事简之县，则不全设。全国共有县丞345人、主簿55人(乾隆间全国有县丞414人、主簿98人)。不设县丞、主簿的县，则由典史兼领其事。
县属官有巡检、驿丞、闸宫、税课司大使、河泊所大使(掌征鱼税)等，其职掌与州属官同。各县儒学一般都设有教谕(正八品)、训导(从八品)各1人，掌本县生员学习事务。县医学训科、县训术阴阳学、道会司道会、僧会司僧会各1人。
各县还设典吏若干人，分吏、户、礼、兵、刑、工六房，协助知县办事。每县少者5-6人，最多的有18人，一般都是12-14人。县丞、主簿及典史、巡检、儒学等，也各设攒典1人，协助办事。
县设道会司。县设僧会司。
(八)少数民族地区职官
(1)土司各官
土司、土府州县是管理少数民族地区的专门机构，职官通常由少数民族头人世袭。土司由军事部门管辖，如指挥使司、宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、
长官司等，长官为宣慰使、宣抚使、安抚使等；土府州县是由行政部门管辖，官员称土知府、土知县。
1.土司
指挥使司：指挥使(正三品)、指挥同知(从三品)、指挥佥事(正四品)。
宣慰使司：宣慰使(从三品)、宣慰同知(正四品)、副宣慰使(从四品)、宣慰佥事(正五品)。
宣抚使司：宣抚使(从四品)、宣抚同知(正五品)、副宣抚使(从五品)、宣抚佥事(正六品)。
安抚使司：安抚使(从五品)、安抚同知(正六品)、副安抚使(从六品)、安抚佥事(正七品)。
招讨使司：招讨使(从五品)、副招讨使(正六品)。
长官司：长官(正六品)、副长官(正七品)。
各司下又有：千户(正五品)、副千户(从五品)、百户(正六品)、百长(未入流)等官。
①甘肃指挥使司
指挥使8人、指挥同知7人、指挥佥事8人、千户7人、副千户2人、百户9人；西宁千户1人、百户23人、百长26人；西藏百户15人、百长52人。
②四川宣慰使司
宣慰使7人；宣抚使5人；安抚使16人、副使2人；长官37人、副长官1人；千户41人、百户159人。
③广西长官司：长官、副长官各2人。
④云南指挥使司
指挥使2人、指挥同知1人；宣慰使1人；宣抚使7人、副使3人；安抚使2人；长官3人、副长官2人、土千户1人。
⑤贵州长官司：长官65人；副长官司19人(邛水1人后改七品土官)。
2.土官
①四川：
土通判2人、土知事1人、土巡检2人、副巡检1人。土游击1人、土都司1人、屯守备12人、土千总7人、屯千总19人、土把总7人、屯把总34人。
②广西：
土知州25人、土州同1人、土知县4人、土州判1人、土巡检9人、从九品土官1人；不管理土峒者，正六品土官2人，从六品、正八品、正九品土官各1人，从九品土官1人，未入流土官2人。
③云南：
土知府2人、土同知1人、土知州4人、土州同3人、州同职衔1人、土州判2人、土知事1人、土县丞5人、土主簿2人、土典史1人、土巡检19人、土驿丞3人；其不管理苗裔村寨者，土通判2人、正八品土官1人。土都司1人、土守备5人、土千总18人、土把总36人；非世袭武职者，云南土守备3人、土千总7人、土把总15人、土官26人(初皆世袭，雍正2年改拔补)。
④贵州：
土同知2人、土通判1人、土推官1人、土县丞5人、土主簿2人、土吏目1人、土巡检2人；其不管理土峒者，正六品、正七品土官各1人，正八品土官3人，正九品、从九品土官各2人。土千总10人、土把总1人；其不管理村寨者，湖北世袭千总衔10人、把总衔5人，湖南千总衔13人、把总衔52人，贵州六品武土官2人、七品武土官4人。
⑤甘肃：土守备1人、土千总16人、土把总20人。
(2)回部(新疆)各官：光
绪10年，改建郡县，俱省。
1.总理回务扎萨克郡王1人、协理图撒拉克齐2人，驻哈密、辟展(今鄯善，维语为蒲昌)，封爵世袭。
2.阿奇木伯克，掌综回务：三品12人、四品8人、五品11人、六品7人。
3.伊什罕伯克，掌赞理回务：四品13人、五品1人、六品1人。
4.噶杂拉齐伯克，掌地亩粮赋：四品2人、五品7人、七品1人。
5.商伯克，掌征输粮赋：四品3人、五品8人、六品1人。
6.哈资伯克，掌平决诤讼：五品2人、六品25人、七品1人。7.斯帕哈资伯克，掌理头目诤讼：五品1人。
8.拉雅哈资伯克，掌理细民诤讼：五品1人。
9.密喇布伯克，掌水利：五品3人、六品13人、七品32人。
10.讷克布伯克，掌匠役营建：五品2人、七品6人。
11.帕提沙布伯克，掌巡缉狱囚：五品1人、六品2人、七品4人。
12.莫提色布依伯克，掌回族教法：五品1人、六品1人、七品4人。
13.密图瓦利伯克，掌田产税务：五品2人、七品3人。
14.柯勒克牙拉克伯克，掌商贾贸易：五品1人。
15.巴济吉尔伯克，掌理税务：六品3人、七品1人。
16.色迪尔伯克，掌襄理税务：七品3人。
17.阿尔巴布伯克，掌差役：六品2人、七品4人。
18.巴克玛塔尔伯克，掌果园：六品2人。
19.都管伯克，掌兵马粮饷、官物文移：六品3人、七品9人。
20.哈喇都管伯克，掌台站兵械：五品1人、七品3人。
21.明伯克，掌千户征输：六品8人、七品57人。
22.玉资伯克，掌百户征输：七品76人。
23.鄂尔沁伯克，掌数十人征输：六品1人。
24.杂布提墨克塔布伯克，掌教习经馆：六品1人。
25.哲伯伯克，掌修造甲械：六品1人。
26.色依得尔伯克，掌巡察道路、园林果木：六品1人。
27.什和勒伯克，掌驿馆米刍：六品2人、七品3人。
28.六品伯克，掌修坝管台：27人。
29.七品伯克，掌司台站：3人。
30.采铅伯克：五品1人。
31.挖铜伯克3人、采铜伯克3人、管铜伯克2人，俱七品，并随事为员，由办事大臣疏请。
(3)籓属各官
1.蒙古
札萨克(旗长)每旗1人，根据清廷的规定和法令处理旗务，旗内土地、属民由札萨克支配，并接受清廷监督。不置扎萨克的旗，隶属将军、都统及大臣。札萨克之下设协理台吉2-4人(唯土默特左翼旗、喀喇沁三旗称塔布囊)，以王、贝勒、贝子、公、台吉担任，帮办旗务；管旗章京、副章京(梅伦)、笔帖式等，协理旗务。旗下按丁数编为佐领，为基本军事单位。每佐领设佐领1人、骁骑校6人，辖旗丁150-250人，审理丁册，征收税课、排解纠纷、传递信件及征发人丁。佐领之下设骁骑校、领催，协助佐领办理军政事务。每6佐领设参领1人统辖。在佐之下，每10户设什长1人，为最低一级行政单位的
管理人。参领、佐领、骁骑校较内地同名官低一级，各官都从本旗台吉内选充。
清统治者为了不使各旗札萨克享有独立权力，订出会盟制度，在旗之上设盟，合数旗而成。盟不是实质性的管理单位，只是一种实行监督的组织，一般不设办理盟务的衙门。只是在盟内各旗会盟时“简军实、阅边防、理讼狱、审丁册”。盟设正、副盟长各1人，每3年会盟1次，各盟均有固定会盟地。盟长由理藩院于盟内各旗札萨克中选人由清帝任命兼摄。盟长的主要任务是充当会盟召集人，不能直接干预各旗内部事务，也无权擅自发布政令，只是对各旗札萨克起监督作用，并充当各旗札萨克与清政府的中间人。蒙古旧有的部，只在名义上保存下来，不具有任何行政职能。
内札萨克蒙古24部：科尔沁部(6旗)、扎赉特部(1旗)、杜尔伯特部(1旗)、郭尔罗斯部(2旗)、敖汉部(1旗)、奈曼部(1旗)、巴林部(2旗)、扎鲁特部(2旗)、阿鲁科尔沁部(1旗)、翁牛特部(2旗)、克什克腾部(1旗)、喀尔喀左翼部(1旗)、喀喇沁部(3旗)、土默特部(2旗)、乌珠穆沁部(2旗)、浩齐特部(2旗)、苏尼特部(2旗)、阿巴噶部(2旗)、阿巴哈纳尔部(2旗)、四子部落(1旗)、茂明安部(1旗)、乌喇特右翼部(1旗)、乌喇特部(3旗)、鄂尔多斯部(7旗)。
外札萨克蒙古喀尔喀4部：土谢图汗部(20旗)、赛音诺颜亲王部(22旗)、车臣汗部(23旗)、扎萨克图汗部(17旗)，各部汗为本旗札萨克，其余各旗札萨克归本部汗统辖。
青海5部：厄鲁特部(21旗)、游牧绰罗斯部(2旗)、辉特部(1旗)、土尔扈特部(1旗)、喀尔喀部(1旗)。
另有：贺兰山厄鲁特部(1旗)、杜尔伯特部(14旗)、额济讷土尔扈特部、土尔扈特部、和硕特部、辉特部、绰罗斯部、额鲁特部、哈密部(1旗)、吐鲁番部(1旗)。
别于蒙古者：和托辉特部、哈柳沁部、托斯部、奢集努特部、古罗格沁部。
2.西藏
达赖喇嘛1人(驻拉萨)，掌全藏政令；班禅喇嘛1人(驻扎什伦布)，掌后藏寺院与其教民；两者均受驻藏大臣监督。乾隆57年噶布伦以下归驻藏大臣管辖。
综理政务官：辅国公1人、一等台吉1人、前藏唐古特三品噶布伦4人(喇嘛1人，喇嘛为官均无顶戴)，掌综理藏务；藏地分卫(前藏)、藏(后藏)、喀木(康)、阿里四部，各置噶布伦治其地，职任尤重。
佐理国事官：四品仔琫3人，掌稽商上(喇嘛库藏出纳之所)事务；四品商卓特巴3人，掌库务；五品叶尔仓巴2人，掌粮务；五品朗仔辖2人，掌治拉萨番民；五品协尔帮2人，掌刑名；五品硕第巴2人，掌治布达拉番民；六品达琫2人，掌马厂；六品大中译2人，六品卓尼尔、七品小中译各3人，择东科译言世家
子弟优秀者担任，并掌噶厦(噶布伦议事之所)事务。
各城典兵官：四品戴琫6人、五品如琫12人、六品甲琫24人、七品定琫120人；第巴13人、管草1人，糌粑、柴、帐房各2人，门、牛羊厂各3人。
各城治民官：五品边营官23人(喇嘛1人)、大营官19人(喇嘛4人)、六品中营官59人(喇嘛7人)、七品小营官25人(喇嘛9人)；后藏唐古特三品大营官4人(喇嘛3人)、六品中营官17人(喇嘛15人)、七品小营官16人(喇嘛14人)。
僧官(专司教事)：国师、禅师、扎萨克大喇嘛、扎萨克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛，均受堪布监督。