真菌基因组学研究进展

Ｍｙｃｏｓｙｓｔｅｍａ

苗物学报１５Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ２００８。２７（５）：７７８－７８７

ｊｗｘｔ＠ｉｍ．ａＣ．ＣＦｔ

ＩＳＳＮｌ６７２—６４７２ＣＮｌ１—５１８０Ｑ

＠２００８ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．ＣＡＳ．ａｌｌｒｉｇｈｔｓｒｅｓｅｒｖｅｄ

ＡｄｖａｎｃｅｓｉｎｓｔｕｄｉｅｓｏｆｆｕｎｇａＩ一ｇｅｎｏｍｉｃｓ一

ＹＵＺｈｉ．Ｈｅ’ＧＡＯＹｕａｎ．ＧａｎｇＺＥＮＧＺｈａｏ．ＱｉｎｇＳＵＫｕｎＸＩＡＯＬｉＬＵＯＭｉｎｇ．ＦｅｎｇＣｏｌｌｅｇｅｏｙＬｉｙｅＳｃｉｅｎｃｅ，ＹａｎｇｔｚｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｊｉｎｇｚｈｏｕ４３４０２＆Ｃｈｉｎａ

真菌为低等真核生物，种类庞大而多样。据估计，全世界约有真菌１５０万种，已被描述的约８万种（Ｋｉｒｋｅｔａｌ．２００１）。真菌在自然界分布广泛，存在于土壤、水、空气和生物体内外，与人类生产和生活有着非常密切的关系。许多真菌在自然界的碳素和氮素循环中起主要作用，参与淀粉、纤维素、木质素等有机含碳化合物及蛋白质等含氮化合物的分解。有些真菌如蘑菇、草菇、木耳、麦角、虫草、茯苓等可直接供作食用和药用，或在发酵工业、食品加工业、抗生素生产中具有重要作用。然而，也有些种类引起许多植物特别是重要农作物的病害，如水稻稻瘟病、小麦锈病、玉米腥黑穗病、果树病害等。少数真菌甚至是人类和动物的致病菌，如白色假丝酵母Ｃａｎｔ］ｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ等。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌具有重要意义。

本文整理了已完成基因组序列测定的真菌的信息，并对真菌染色体组的历史、测序策略及其基因组学的研究进展进行了评述。

１真菌染色体组的研究历史和资源

１９８６年美国科学家ＴｈｏｍａｓＲｏｄｅｒｉｃｋ提出基因组学概念，人类基因组计划带动了模式生物和其它重要生物体基因组学研究。阐明各种生物基因组ＤＮＡ中碱基对的序列信息及破译相关遗传信息的基因组学已经成为与生物学和医学研究不可分割的学科。由欧洲、美国、加拿大和日本等近百个实验室六百多位科学家通力合作，１９９６年完成第一个真核生物酿酒酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖ捃ｉａｅ的基因组测序，这对于’Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ．Ｅ－ｍａｉｌ：ｚｈｉｈｅｙｕ＠ｈｏｍｍｉｌ．ｃｏｍ收稿日期：２００８－０１－０８，接受日期：２００８．０３．２４

万　方数据

ＶｏＩ．２７Ｎｏ．５７７９酵母菌类群来说是一个革命性的里程碑，并且激起了真核基因功能和表达的第一次全球性研究（Ｇｏｆｆｅａｕｅｔａ１．１９９６）。随后粟酒裂殖酵母Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ（ＷｏｏｄｅｔａＬ２００２）和粗糙脉孢霉Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ（Ｇａｌａｇａｎｅｔａ１．２００３）染色体组的完成显露出酿酒酵母作为真菌模式生物的局限性。尽管如此，真菌染色体组测序的进展最初是缓慢的。为加快真菌染色体组研究的步伐，２０００年由美国Ｂｒｏａｄ研究所与真菌学研究团体发起真菌基因组行动（ｆｕｎｇａｌｇｃｎｏｍｅｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ，ＦＧＩ），目的是促进在医药、农业和工业上具有重要作用的真菌代表性物种的基因组测序。２００２年２月ＦＧＩ发表了第一份关于测定１５种真菌基因组计划的白皮书。２００３年６月，真菌基因组行动发表了第二份白皮书，列出了４４种真菌作为测序的目标，强调对其中１０个属即青霉属Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、曲霉属Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、组织胞浆菌属Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ、球孢子菌Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ、镰刀菌属Ｆｕｓａｒｉｕｍ、脉孢菌属Ｎｅｕｍｓｐｏｒａ、假丝酵母属Ｃａｎｄｉｄａ、裂殖酵母属Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、隐球酵母属Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ和柄锈病菌属Ｐｕｃｃｉｎｉａ的物种优先进行测序。之后，经过ＦＧＩ、法国基因组学研究项目联盟（ＧｄｎｏｌｅｖｕｒｅｓＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）、美国能源部联合基因组研究所（１１ｌｅＤＯＥＪｏｉｎｔＧｅｎｏｍｅＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＪＧＩ）ＤＯＥ联合基因组研究所、基因组研究院（１１１ｅＩｎｓｔｉｔｕｔｅｆｏｒＧｅｎｏｍｉｃＲｅｓｅａｒｃｈ，ＴＩＧＲ）、英国ＴｈｅＷｅｌｌｃｏｍｅＴｒｕｓｔＳａｎｇｅｒＩｎｓｔｉｔｕｔｅＳａｎｇｃｒ和华盛顿大学基因组测序中心等共同努力；得到包括美国国家人类染色体研究所、国家科学基金会、美国农业部和能源部等的资助，也有来自学术界和产业集团如著名的Ｍｏｎｓａｎｔｏ、Ｓｙｎｇｅｎｔａ、Ｂｉｏｚｃｎｔｎｎｎ、ＢａｙｅｒＣｒｏｐＳｃｉｅｎｃｅＡＧ和Ｅｘｅｌｉ】【ｉｓ等公司的持续合作，在最近的几年里，真菌基因组学研究取得重大突破。至２００８年６月１日，共有３７３４种生物的全基因组序列测定工作已经完成或正在进行，公开发表８１２个完整的基因组，其中，７０余种真菌基因组测序工作已经组装完成或正在组装，分别属于子囊菌门、担子菌门、接合茵门、壶菌门和微孢子虫（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）的代表。此外，还有Ａｊｅｌｌｏｍｙｃｅｓｄｅｒｒａａｔｉｆｉｄｉｓ和Ａｎｔｏｎｏｓｐｏｒａｌｏｃｕｓｔａｅ等２０余种真菌基因组序列正在测定中（Ｂｅｍａｌｅｔａ１．２００１）。这些真菌都是重要的人类病原菌、植物病原茵、腐生菌或者模式生物，基因组大小为２．５．８１．５Ｍｂ，包含酵母或产生假菌丝的酵母、丝状真菌，或者具有二型性（或多型性）生活史的真菌，拥有与动物和植物细胞一样的的细胞生理学和遗传学特征，包括多细胞性、细胞骨架结构、生长发育、有性生殖、细胞周期、细胞间信号传递、生理规律、ＤＮＡ甲基化和遗传修饰等，充分体现具有９亿年进化史的真菌生物多样性。由于真菌基因组较其他的真核生物而言相对简单，更容易被测序和注解，易于遗传操作和基因修饰，因而成为真核生物基因组研究的最佳模式生物。真菌基因组学的研究特别是真菌比较基因组学的研究有利于生物进化、系统发生学、药物靶基因、基因发现以及基因功能等方面的研究（Ｈｓｉａｎｇ＆Ｂａｉｌｌｉｅ２００６；ＸｕｅｔａＬ２００６）。

２真菌基因组测序策略

目前基因组测序主要有两种方法。第一种是全基因组鸟枪测序法（ＷＧＳ）。Ｓａｎｇｅｒ（１９７７）首先采用这个方法对噬菌体４，Ｘ１７４进行了测序，其基本原理是提取基因组ＤＮＡ并进行酶切，然后将片断亚克隆至２ｋｂ的小嵌件库和１０－２０ｋｂ的大嵌件库中。从两端开始对克隆进行测序（即正义链和负义链），然后组装成连续的叠连群（ｃｏｎｔｉｇｓ），最终形成完整的基因组。第二种方法是分级鸟枪测序法，跟ＷＧＳ不同的是基因组ＤＮＡ提取后被分解并亚克隆至１００．５００ｋｂ的ＢＡＣ库中。与此同时，也生成小一些的大小约为５０ｋｂ的黏粒库或者２－ｌＯｋｂ的质粒库。这种分级策略所采用的叠连群最终被映射到已知的染色体位置上，序列的装配只需关注一个小范围内的基因组即可（Ｐｅｖｓｎｃｒ２００３）。这种方法被广泛应用于基因组较大的万　方数据ｈｔｔｌＯ：／／ｊｏｕｒｎａｌｓ．ｉｍ．ａｃ．ｃｎ／ｊｗｘｔｃｎ

７８０

真核生物基因组测序中，包括真菌基因组和已测序的人类基因组，同时由于Ｆｏｓｍｉｄｓ和ＢＡＣ技术的应用，使高质量、连续的长片段序列组合成为可能。比如在禾谷镰刀菌Ｆｕｓａｒｉｕｍｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ的序列草图组合时，使用的框架序列长度达到了５．４Ｍｂ，甚至有的框架序列直接原封不动地来自于染色体（Ｇａｌａｇａｎｅｔａｌ．２００５ｂ）。一

尽管基因组测序取得很大进步，但仍存在一些技术挑战。重复序列是装配ＷＧＳ序列数据中存在的最大困难。重复序列的适度水平改善了大多数真菌的装配问题。然而，与端粒、着丝点和ｒＤＮＡ阵列关联的高度重复序列仍然是一个难题。通常，这些区域在细菌库中是不被克隆的，然而在另外一些情况下这些区域被克隆和测序但是不能正确地装配。虽然示踪分析（ｆｏｌｌｏｗｕｐａｎａｌｙｚｅｓ）能准确地重建端粒，但是用

１９９５；Ｌｉｅｔａ１．于估计这些高度重复序列区域大小和位置的独立作图方法是必需的（Ｆａｒｍａｎ＆Ｌｅｏｎｇ

２００５）。重复序列的一个特殊情况是二倍体。在二倍体中，杂合子的范围可能横跨两个不同的染色体区域，在装配过程中低多形性区域不能正确合并，而高多形性区域通常是分离的，结果等位基因的差异很难与明显的旁系同源区分开来。尽管这些复杂问题可以通过测序单倍体来避免，或通过测序一个紧密相联的辅助单倍体使之最小化，但在多数情况下，例如白色假丝酵母Ｃａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ，测序一个二倍体是必不可少的（Ｊｏｎｅｓｅｔａｌ．２００４；Ｂｒａｕｎｅｔａｌ．２００５）。目前，科学家们正在研究新的装配法则，以便更精确

ｅｔ地装配二倍体甚至多倍体的全基因组序列（Ｖｉｎｓｏｎａ１．２００５）。面对真菌基因组测序的挑战，新的作

图和测序技术应运而生。至少ＨＡＰＰＹ作图法（ＨＡＰＰＹｍａｐｐｉｎｇ）和光学作图法（ｏｐｔｉｃａｌｍａｐｐｉｎｇ）提供了无需克隆、将序列定位于染色体特定位点的染色体装配验证。前者是随机地打断基因组ＤＮＡ，经高通量筛选和ＰＣＲ检测确定ＤＮＡ标记的新技术，方法操作简单且不会产生大克隆库（Ｄｅａｒ＆Ｃｏｏｋ１９９３）。后者是最近研发的适用于染色体装配的技术，其方法是根据巨碱基长度的单一ＤＮＡ分子图象产生的染色体范围内的限制性内切酶图谱，通过比较ｓｉｌｉｃｏ限制性酶切位点的顺序和距离，提供一个独立的装配验证（Ｚｈｏｕ“口＾２００４）。

测序技术的改进也为进一步地加速真菌基因组学研究提供了保障，如粗糙链孢霉Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ的基因组富含ＡＴ，不能利用细菌文库进行有效地克隆，由４５４生命科学实施的ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ方法成功地解决传统测序方法所不能产生的基因组序列（Ｇａｌａｇａｎｅｔａ１．２００５ｂ）。此外，先进仪器的使用导致大量廉价基因组数据的产生，单一基因组测序的当前成本降低至使其能够测定５－１００多个种或菌株的全基因组序列。早期的基因组测序目标是产生高质量的个别菌株或种的参考序列，而现在新的测序技术促使科学家们描述更多亲缘关系菌株的分子多样性。

３真菌基因注释和真菌基因预测

真菌基因注释是借助生物体中相似的线性基因结构分析完成的。真菌基因组编码密度范围为３７＊／ｏ－６１％，与其他真核生物一样，真菌基因密度与基因组大小成反比。真菌基因编码序列长度平均在１．３．１．９ｋｂ。尽管真菌显示出基因结构的显著多样性，但相对后生动物而言，真菌基因几乎不被内含子所间隔。真菌内含子密度范围多样，担子菌如新型隐球酵母Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ拧铊加㈣的每个基因含５－６个内含子（ＬｏＲｕｓｅｔａｌ．２００５）；许多最近测序的子囊菌平均每个基因含１．２个内含子（Ｂｏｒｋｏｖｉｃｈｅｔａｌ．２００４；ＤｅａｎｅｔａＬ２００５）；而半子囊茵啤酒酵母中总共不到３００个内含子（Ｇｏｆｆｅａｕｅｔａ１．１９９６）。另外，真菌内含子很小，许多子囊菌的内含子平均只有８０．１５０ｂｐ，而担子菌类的新型隐球酵母的内含子较为例外，平均大小万方数据　

ＶｏＩ．２７Ｎｏ．５７８１为６８ｂｐ且拥有许多小至３５ｂｐ的内含子（Ｌｏｆｔｕｓ

了独特的机会。ｅｔａＬ２００５）。真菌内含子的结构多样性为其进化研究提供

大多数真菌相对简单的基因结构促进了基因的准确预测。然而，许多真菌种类缺乏重要的ＥＳＴ数据库，使真菌基因预测依赖于ｄｅｈＯｌｌＯ基因预测。假使真菌种间的外显子和内含子特征有很大区别，那么关于生物体特征性数据库的基因预测工具的研发是非常重要的，ｄｅｎＯＶＯ基因预测工具为基因预测提供了条件，这些工具包括ＧｅｎｅｌＤ（Ｇｕｉｇｏ

（Ｋｏｒｆ２００４），Ａｕｇｕｓｔｕｓ（ＳｔａｎｋｅｅｔａＬｅｔ１９９２），ＦＧｅｎｅｓｈ和ＦＧｅｎｅｓｈ＋（Ｓａｌａｍｏｖ＆Ｓｏｌｏｖｙｅｖ２０００），ＳＮＡＰ２００４）和ＧｌｉｍｍｅｒＭ（ＳａｌｚｂｅｒｇｅｔａＬａＬ１９９９）。除了这些工具之外，ＧｅｎｅＷｉｓｅ工程和Ｅｘｏｎｅｒａｔｅ使基因预测能够独立地根据同源蛋白或编码序列的比对而进行（Ｓｌａｔｅｒ＆Ｂｉｒｎｅｙ２００５）。

真菌比较基因预测是一个特别有吸引力的策略，它可以预测相关染色体群，其实用性已经在相关酵母种类的比较注释（Ｋｅｌｌｉｓ

中被证实（ＴｅｎｎｅｙｅｔａＬｅｔａＬ２００３）和新型隐球酵母Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ的ＴＷＩＮＳＣＡＮ预测算法２００４）。后者是一种运用参考染色体与未知染色体同源性比对的ｄｅｎＯＶＯ基因预测算法（Ｋｏｒｆｅｔａ／．２００１）。ＴＷＩＮＳＣＡＮ以新型隐球酵母血清型Ａ作为参考染色体，成功地预测新型隐球酵母血清型Ｄ的染色体序列。用已知基因或ＲＴ－ＰＣＲ的结果证实该预测结果中６００／ｏ－７２％是完全正确的。如果利用新型隐球酵母相对复杂的染色体来比较预测其他真菌，其结果将是令人鼓舞的。

多重染色体的比较分析结果表明真菌在基因组水平上存在很大分歧。例如，人们普遍认为相关的子囊菌在大约２亿年以前是同一个祖先（ＴａｙｌｏｒｅｔａＬ１９９９），然而，将Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ和粗糙脉孢霉Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ的染色体进行对照后发现，相似性４７％的氨基酸事实上是没有保守相似性，仅１１３个区域含有四个或更多的保守共线性基因（ＤｅａｎｅｔａＬ２００５）。一般认为，完整真菌染色体的分析在一个相对较短的进化时间范围内会迅速打破之前的保守相似性，即使是同属真菌在基因水平上也显示出显著的分歧。通过对Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｎｉｄｕｌａｎｓ，Ａ．ｆｕｍｉｇａｔｕｓ和４．ｏｒｙｚａｅ三种曲霉菌的比较，结果表明任意两种曲霉平均仅６８％的氨基酸是一致的（Ｇａｌａｇａｎ

相当（Ｄｕｊｏｎｅｔｅｔａ１．２００５ａ），其进化时间间隔与人类和鱼类之间的进化时间间隔ａＬ２００４）。在这段进化时间里，大概有７０％的彳．ｎｉｄｕｌａｎｓ可以映射至怕．ｆｕｍ／ｇａｔｕｓ或Ａ．ｏｒｚｙａｅ共线群（ｓｙｎｔｅｎｉｃｂｌｏｃｋ）中，同时彳．ｎｉｄｕｌａｎｓ中约５０％的保守共线群在三种曲霉中都有保留（Ｇａｌａｇａｎ甜ａＬ２００５ａ）。在这些共线群中，有大量的微小重组片段。这些片段包括许多小的插入片段，是真核生物

ｅｔ中的一种共同的重组模式（ＡｐａｒｉｃｉｏａＬ２００２：ＫｅｌｌｉｓｅｔａＬ２００３）。但其他的重组方式也相当地普遍，

包括转座、部分插入、缺失和复制等。正在进行的试验进化研究证明酵母菌普遍重组方式是复制和转座（ＫｏｓｚｕｌｅｔａＬ２００４），这些结果有助于真菌基因组的长期进化研究。Ｗｏｌｆｅ＆Ｓｈｉｅｌｄｓ（１９９７）预言酵母菌

ｅｔ完整的基因组复制伴随着大量的基因缺失，已经被比较基因组分析证实（ＤｌｌｊｏｎａＬ２００４；ＫｅｌｌｉｓｅｔａＬ

２００４），同时揭示这对酵母茵的碳源发酵有重大的影响。同样，在其他真核生物中也证实存在空间重组模式，相当普遍地在近端粒处并伴随重复序列成分的存在（ＫｅｌｌｉｓｅｔａＬ２００３；ＬｅｐｈａｒｔｅｔａＬ２００５）。４生物系统发生的进化关系分析

生物最本质的特征是进化。比较基因组学以进化理论作为理论基石，同时其研究结果又前所未有地丰富和发展了进化理论。完整的全基因组分析可以为生物系统发生学提供更多权威性的答案。Ｗｏｌｆｅｔａ１．（２００１）在全基因组信息的基础上构建了与传统的细菌分类方法不同的进化树，认为原核生物主要分两万方数据　ｈｔｔｐ：／／ｊｏｕｒｎａｌｓ．ｉｍ．ａｃ．ｃｎ／ｊｗｘｔｃｎ

７８２Ｍｙｃｏｓｙｓｔｅｍａ个域。在系统发生学的分析研究中，分析对象的基因组信息越多，结果就越可靠。尽管全基因比较研究似乎可以解决分类学上的很多问题，但是还有问题需要考虑并作进一步研究。Ｓｏｌｔｉｓｅｔａｌ．（２００４）研究表明尽管当整个基因组都研究了，如果跟分类有关的基因数量极低，可能会产生错误的系统发生学结论。

在真菌基因组的研究过程中，人们惊奇地发现，真菌比植物和低等动物与人类亲缘关系更近。ＺｅｎｇｅｔａＬ（２００１）发现约有１０００个人类蛋白质与真菌的同源性高于其它动物如线虫或果蝇等，他们推断认为人类基因组的功能基因跟酵母及高等真菌的亲缘关系更近。Ｃｌｉｆ【ｅｎｅｔａＬ（２００３）比较了６个酵母的基因组发现有功能的如调节元件的非编码序列都非常小，一般很难辨认，与它所调控的基因较远。通过寻找这些系统发生学足迹，据此Ｃｌｉｆｌｅｎ等（２００３）修正了酵母的未知基因的框架，进而发现编码调节蛋白基因。Ｓｃｈｏｅｈｅｔ

ＧｉｂｂｅｒｅｌｌａａＬ（２００３）详细编录了三个丝状真菌Ｂｏｔｒｙｏｔｉｎｉａｆｕｃｋｅｌｉａｎａ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓｈｅｔｅｖｏｓｔｒｏｐｈｕｓ和ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ的ｋｉｎｅｓｉｎ基因家族，并把它们与Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ和Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ相比较，结果发现９个亚科的丝状真菌都含有１０个ｋｉｎｅｓｉｎ基因，而酵母ｋｉｎｅｓｉｎ基因则较少。ＫｅｌｌｉｓｅｔａＬ（２００４）比较了Ｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ和Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓｗａｌｔｉｉ基因组，推断Ｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ是最古老生物全基因组的复制品。ＺｅｌｔｅｒｅｔａＬ（２００４）采用比较基因组学的方法在Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ和Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ基因组中寻找到酵母编码钙信号传导途径的同源基因，且在丝状真菌中编码各种钙信号传导蛋白的同源基因要比酵母多，由此推测可能与丝状真菌具有复杂的细胞结构和在自然环境中接受更广范围的外部信号有关。

虽然在三十年前发现内含子并对其展开深入的研究（Ｇｉｌｂｅｒｔ１９７８），但仍存在许多问题，如内含子的起源、扮演的角色和进化动力学等（Ｌｙｎｃｈ＆Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ２００２）。由于内含子存在于真菌和其他真核细胞基因组内，且真菌染色体的基因密度大、基因结构相对简单，有利于准确预测内含子的界限，加上真菌平均内含子密度的变化，因而有关真菌内含子的研究具有普遍意义，同时为内含子进化研究提供机遇。最近关于真菌内含予的研究为内含子的进化模型和机制提供了新的见解。

ＮｉｅｌｓｅｎｅｔａＬ（２００４）研究Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｎｉｄｕｌａｎｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ和Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ四种跨度约３亿３千万年真子囊菌基因组的内含子进化模式，发现内含子在动力学模式上的差异明显，在Ｍｇｒｉｓｅａ和Ｆｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ中，获得与丢失内含子的数量是接近平衡的，但在Ⅳｃｒａｓｓａ中，丢失的内含子大概是增加内含子的两倍，而且在基因家族之间，内含子获得的速率也是变化的。新增的真菌基因组序列为更长进化间隔的内含子动力学研究提供机会。Ｓ侧ｉｅｈｅｔａＬ（２００５）以人和拟南芥Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ珈口妇一口作为外群，通过对２４种真菌内含子的获得和丢失模式进行研究开发出一种估算内含子获得和丢失的最大可能方法，从而计算真菌进化树中在不同节点内含子的密度。

内含子的一个有趣的特征是在目前所有完成序列测定的真核生物中，内含子的密度与位置偏差之间存在相关性，即在内含子较丰富的生物体内，内含子平均地分布在基因的编码序列内，而在内含子贫乏的生物体内，内含子偏向地分布在基因的５７端（Ｍｏｕｒｉｅｒ＆Ｊｅｆｆａｒｅｓ２００３）。这种偏向可能是通过一种来自３７多聚腺嘌呤尾端反转录传递的同源重组剪切机制导致内含子丢失而引起（Ｒｏｙ＆Ｇｉｌｂｅｒｔ２００５ｂ），且已在含有内含子的酵母菌Ｔｙ因子中得到证实（ＢｏｅｋｅｅｔａＬ１９８５）。Ｎｉｅｌｓｅｎｅｔａ１．（２００４）研究结果显示，内含子丢失是单独的，至少在隐球菌和真子囊菌的最近演变历史上并没有足够的证据说明内含子丢失存在５７位置偏向。同样，对四个密切相关的隐球菌种类的内含子丢失研究标明，内含子丢失并不能用基因转化来解释，推测内含子丢失是通过ＲＮＡ重组形成的，更有趣的是，内含子丢失全部发生在基因中间，完整万方数据　

ＶｏＩ．２７Ｎｏ．５７８３无缺的内含子则留在在３’末端（ｓｔａｊｉｃｈ＆Ｄｉｅｔｒｉｃｈ２００６）。

根据现有数据库信息，内含子丢失在某些真菌的进化分支中占优势，这与利用植物、动物、原生动物以及两种真菌Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ和Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ等８个基因组的研究结果一致（Ｒｏｙ＆Ｇｉｌｂｅｒｔ２００５ａ）。随着更多真菌基因组序列被测序，有关内含子进化的神秘面纱将被揭开。５真菌致病性与抗真菌药物研发

真菌感染威胁人类的健康（Ｓｗａｒｔｚ１９９４）。真菌对与爱滋病和白血病有关的免疫抑制或治疗性抑制免疫患者是致死性的。在美国每年由曲霉菌引起的患者超过一万，致死率达２０％（ＤａｓｂａｃｈｅｔａＬ２０００）。酵母感染则更为普遍，例如２００２年在加拿大新型隐球酵母Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ至少感染５９例，引起两例死亡（ＨｏａｎｇｅｔａＬ２００４）。由球苞茵Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓｉｍｍｉｔｉｓ引起的谷热病仅在美国每年就超过１０００００个案例发生（Ｃｈｉｌｌｅｒｅｔａｌ．２００３）。植物病原真菌对农业也具有破坏性影响。真菌感染所有主要庄稼，并通过真菌毒素的产生导致食物污染（Ｓａ＇ａｎｇｅ＆Ｓｏａｒ２００５）。仅在美国，估计每年因植物病害损失３３０亿美元（Ｍａｄｄｅｎ＆Ｗｈｅｅｌｉｓ２００３）。由Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ引起的稻瘟病估计每年毁坏的稻米足够养活６０万人口（Ｚｅｉｇｌｅｒｅｔａ／．１９９４）。’

科学家们试图用比较基因组学的方法来分辨病原菌和非病原菌。Ｈｓｉａｎｇ＆Ｇｏｏｄｗｉｎ（２００３）采用植物的全基因组和病原真菌的比较进而从被真菌感染的植物组织中获得起源ＥＳＴｓ。由于目前研究的植物基因比真菌基因多，他们认为这种方法比起比较ＧｅｎＢａｎｋ中ＮＲ数据要更容易定位那些与分类有关的序列。在ＧｅｎＢａｎｋ中发现与其匹配的植物基因序列不能保证就是起源基因。ＸｕｅｔａＬ（２００３）采用相似的方法去设计３２个非配对的序列探针，从非感染组织中找到了２２个序列，从感染组织中找到了１０个序列。当宿主和病原菌的基因组信息都完全被测序时，将很大程度上有利于人类疾病的研究。对于植物病理来说，目前宿主和病原菌被测序的还比较少。此外，植物的真菌性疾病，宿主和病原菌都是真核生物，它们的序列就更难区分。

由于真菌是真核生物，针对真菌开发的治疗药物比起细菌性病原微生物治疗药物更加困难，目前有效的抗真菌药物很少。大多数现有的药物有严重的副作用，对这些化合物的抗药性是一个新增的问题（Ｇｅｏｒｇｏｐａｐａｄａｋｏｕ１９９８）。对医疗上重要真菌基因组分析有可能解决上述临床问题，特别是几个致病性真菌的基因组已经被完全测序，这样与人类不存在同源性且为真菌生长所必须的基因的预测成为可能，而且成为研究弱毒副作用的杀真菌药物的一个靶标。这种方法已被用于研究抗白色假丝酵母Ｃａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ药物（ＪｏｎｅｓｅｔａＬ２００４）。在白色假丝酵母的基因组序列中发现了２２８个基因，这些基因都存在于其它５个被测序的真菌基因组中，但在人或老鼠基因组中缺乏同源性（Ｂｒａｕｎｅｔａ／．２００５）。这些基因是利用小分子物质抑制白色假丝酵母的潜在靶标。Ｈｓｉａｎｇ＆Ｂａｉｌｌｉｅ（２００５）比较了１４个真菌与动物、植物以及细菌的基因组，发现了１７个真菌特有的基因。他们指出其中７个基因可以用于抗真菌药物的靶基因研究。Ｋｅｓｓｌｅｒｅｔａ／．（２００２）比较了Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｆｕｍｉｇａｔｕｓ与Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ，Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ和Ｃａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ三种酵母的３０００个ｅＤＮＡ序列，结果发现４９％的ｅＤＮＡ序列Ｅ值薹１０～，认为这些序列可能是Ａ．ｆｕｍｉｇａｔｕｓ的特有基因，可以作为研究抗Ａ．ｆｕｍｉｇａｔｕｓ类真菌的靶基因。

真菌中病原真菌给人类健康带来了极大危害，但有些真菌的次生代谢产物在药物的生产和发展方面有非常重要的作用，这些次生代谢产物包括Ｌｏｖｅｓｔａｔｉｎ和抗生素如青霉素，头孢霉素和环孢霉素。丝状真万方数据　ｈｔｔｏ：／／ｊｏｕｒｎａｌｓ．ｉｍ．ａｃ．ｏｎＯｗ）（ｔｃｎ

７８４

菌基因组揭示了令人意想不到的次生代谢产物的编码基因的普遍性（Ｙｕ＆Ｋｅｌｌｅｒ２００５）。越来越多的基因组资源给人类利用真菌提供了更深层次的认识。

６真菌基因组学的未来

真菌种类庞大而多样，分布广泛，甚至在某些海洋环境和极端环境下也有真菌存在。完整真菌基因组的测序为真核界乃至整个生物界进化研究提供了空前的机会，重要的人类病原菌、植物病原菌和腐生菌基因组序列的测定，不仅推动繁殖方式的选择、顶端生长、致病机制、宿主．真菌相互作用等基础研究，还能更好地寻找抗菌药物靶点，促进疫苗和抗菌药物的开发研制。应用比较基因组学方法研究真菌基因组有助于人们理解不同生境下真菌的生理特性、形态差异、进化和代谢多样性。但是，序列只是真菌基因组学的冰山～角。基因组序列的公开已经推动了全基因组范周内针对不断增加的真菌物种功能研究的发展，最终这些研究将形成～种新的方法一生物系统方法，使之能够解释真菌生物学和进化，尤其是以生物学为基础的医学、农业及真菌对环境的影响。相信随着迅速发展的高通量方法应用于真菌基因组学研究，将会大大地推动此研究领域的快速进展。

致谢：本文的完成得到国家留学基金委和加拿大Ｇｕｅｌｐｈ大学ＴｏｍＨｓｉａｎｇ博士的部分资助，特此感谢．［ＲＥＦＥＲＥＮＣＥＳｌ

ＡｐａｒｉｃｉｏＳ，ＣｈａｐｍａｎＪ，ＳｔｕｐｋａＥ，ＰｕｍａｍＮ，ＣｈｉａＪＭ，ＤｅｈａｌＰ，ＣｈｒｉｓｔｏｆｆｅｌｓＡ，ＲａｓｈＳ，ＨｏｏｎＳ，ＳｍｉｔＡ’２００２．

Ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅｓｈｏｔｇｕｎａｓｓｅｍｂｌｙａｎｄａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅｇｅｎｏｍｅｏｆＦｕｇｕｒｕｂｒｉｐｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７：１３０１—１３１０

Ｂｅｒｎａｌ气ＥａｒＵ，Ｋｙｒｐｉ＆ｓＮ，２００１．ＧｅｎｏｍｅｓＯｎＬｉｎｅＤａｔａｂａｓｅ（ＧＯＬＤ）：ａｍｏｎｉｔｏｒｏｆｇｅｎｏｍｅｐｒｏｊｅｃｔｓｗｏｒｌｄ－ｗｉｄｃ．Ｎｕｃｌｅｉｃ

ＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２９：１２６・１２７

ＢｏｅｋｅＩＤ，ＧａｒｆｉｎｋｅｌＤＪ，ＳｔｙｌｅｓＣＡ，ＦｉｎｋＧＫ１９８５．ＴｙｅｌｅｍｅｎｔｓｔｒａｎｓｐｏｓｅｔｈｒｏｕｇｈａｌｌＲＮＡｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ．Ｃｅ／／，４０：４９１－５００ＢｏｒｋｏｖｉｃｈＫ～ＡｌｅｘＬＡ，Ｙａｒｄｅｎｏ，ＦｒｅｉｔａｇＭ，ＴｕｒｎｅｒＧＥ，ＲｅａｄＮＤ，ＳｅｉｌｅｒＳ，Ｂｅｌｌ－ＰｅｄｅｒｓｅｎＤ，ＰａｉｅｔｔａＪ，ＰｌｅｓｏｆｓｋｙＮ，２００４，

ＬｅｓｓｏｎｓｆｒｏｍｔｈｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＮｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ：Ｔｒａｃｉｎｇｔｈｅｐａｔｈｆｒｏｍｇｅｎｏｍｉｃｂｌｕｅｐｒｉｎｔｔｏｍｕｌｔｉｃｅｉｌｕｌａｒｏｒｇａｎｉｓｍ．ＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙＲｅｖｉｅｗｓ，６８：１－１０８

ＢｒａｕｎＢＲＶａｎＨｅｒＨｏｏｇＭ，ｄ．ＥｎｆｅｒｔＣ，ＭａｒｔｃｈｅｎｋｏＭ，ＤｕｎｇａｎＪ’Ｋｕｏ丸ＩｎｇｌｉｓＤＯ。ＵｈｌＭＡ，ＨｏｇｕｅｓＨ，ＢｅｒｒｉｍａｎＭ，２００５．

Ａｈｕｍａｎ－ｃｕｒａｔｅｄａｎｎｏｔａｔｉｏｎｏｆｔｈｅＣａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓｇｅｎｏｍｅ．ＰＬｏＳＧｅｎｅｔｉｃｓ．１：Ｅｌ００３６－００５７

ＣｈｉｌｌｅｒＴＭ，ＧａｌｇｉａｎｉＪＮ，ＳｔｅｖｅｎｓＤＡ，２００３．Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｏｍｙｃｏｓｉｓ．ＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｉｓｅａｓｅＣｌｉｎｉｃｓｏｆＮｏｒｔｈＡｍｅｒｉｃａ，１７：４１－５７ＣｌｉＰ∞－ｎＰＦ，Ｓｕｄａｒｓａｎａｍ只ＤｅｓｉｋａｎＡ，ＦｕｌｔｏｎＬ，ＦｕｌｔｏｎＢ，Ｍａｊｏ侣Ｊ，Ｗａｔｅｒｓｔｏｎ＆ＣｏｈｅｎＢＡ，ＪｏｈｎｓｔｏｎＭ，２００３．Ｆｉｎｄｉｎｇ

ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｆｅａｔｕｒｅｓｉｎ蚍概朋’帕甜ｇｅｎｏｍｅｓｂｙｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｆｏｏｔｐｒｉｎｔｉｎｇ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０１：７１—７６

ＤａｓｂａｃｈＥＪ，ＤａｖｉｅｓＧＭ，ＴｅｕｔｓｃｈＳＭ，２０００．Ｂｕｒｄｅｎｏｆａｓｐｅｒｇｉｌｌｏｓｉｓ－ｒｅｌａｔｅｄｈｏｓｐｉｔａｌｉｚａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ

ＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｉｓｅｕｓｅｓ，３１：１５２４－１５２８

ＤｅａｎＲ气ＴａｌｂｏｔＮＪ，ＥｂｂｏｌｅＤＬＦａｎｎａｎＭＬ，ＭｉｔｃｈｅｌｌＴＫ，ＯｒｂａｅｈＭＪ，ＴｈｏｎＭ，Ｋｕｌｋａｒｎｉ＆ＸｕＪＲ，ＰａｎＨ２００５．Ｔｈｅ

ｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｔｈｅｒｉｃｅｂｌａｓｔｆｕｎｇｕｓＭａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ．Ｎａｔｕｒｅ，４３４：９８０・９８６

ＤｅａｒＰＨ，ＣｏｏｋＰＲ，１９９３．Ｈａｐｐｙｍａｐｐｉｎｇ：Ｌｉｎｋａｇｅｍａｐｐｉｎｇｕｓｉｎｇ

１３－２０ａｐｈｙｓｉｃａｌａｎａｌｏｇｕｅｏｆｍｅｉｏｓｉｓ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２１：

Ｄｌｌｊ∞Ｂ，ＳｈｅｒｍａｎＤ，ＦｉｓｃｈｅｒＧＤｕｌＴａａｓ只ＣａｓａｒｅｇｏｌａＳ，ＬａｆｏｎｔａｉｎｅＩ，ＤｅＭｏｎｔｉｇｎｙＪ，ＭａｒｃｋＣ，ＮｅｕｖｅｇｌｉｓｅＣ，ＴａｌｌａＥ，２００４．万方数据　

Ｖ０１．２７Ｎｏ．５７８５

Ｇｅｎｏｍｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎｉｎｙｅａｓｔｓ．Ｎａｔｕｒｅ．４３０：３５－４４

ＦａｔｍａｎＭＬ，ＬＩ幻ｎｇＳＡ，１９９５．Ｇｅｎｅｔｉｃａｎｄｐｈｙｓｉｃａｌｍａｐｐｉｎｇｏｆｔｅｌｏｍｅｒｅｓｉｎｔｈｅ

Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．１４０：４７９－４９２．ｒｉｃｅｂｌａｓｔｆｕｎｇｕｓ．Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ．

Ｃ，ａｈｇａｎＪＥ，ＣａｉｒｏＳＥ，Ｂｏｒｋｏｖｉｅｈ队ＳｅｌｋｅｒＥＵ，ＲｅａｄＮＤ，ＪａｆｆｅＤ，Ｆｉｔｚｌ－Ｉｕｇｈｗ’ＭａＬＪ，ＳｍｉｍｏｖＳ，ＰｕｒｃｅｌｌＳ，２００３．Ｔｈｅ

ｇｅｎｏｍｅ∞ｑｕｅｌｌＣＯｏｆｔｈｅｆｉｌａｍｅｎｔｏｕｓｆｕｎｇｕｓＮｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓ￥ａ．Ｎａｔｕｒｅ，４２２：８５９・８６８

ＧａｌａｇａｎＪＥ，ＣａｌｖｏＳＥ，ＣｕｏｍｏＣ，ＭａＵ，ＷｏｒｔｍａｎＪ’ＢａｔｚｏｇｌｏｕＳ，ｋＳＩ，Ｂａｓｔｕｒｋｎ蜘Ｍ，ＳｐｅｖａｋＣ，ＣｈｔｔｅｒｂｕｅｋＪ，２００５ａ．

ＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｎｉｄｕｌａｎｓａｎｄｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｉｓｗｉｔｈＡ．ｆｕｍｉｇａｔｕｓａｎｄＡ．ｏｒｙｚａｅ．Ｎａｔｕｒｅ，４３８：１１０５．１１１５ＧａｌａｇａｎＪＥ，ＨｅｎｎＭＲ，ＭａＵ，ＣｕｏｍｏＣＡ，ＢｉｒｒｅｎＢ，２００５ｂ．ＧｅｎｏｍｉｅｓｏｆｔｈｅｆｕｎｇａｌＫｉｎｇｄｏｍ：ｉｎｓｉｇｈｔｓｉｎｔｏｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ

ｂｉｏｌｏｇｙ．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈ，１５：１６２０－１６３１

Ｇ∞ｒｇｏｐａｐａｄａｋｏｕＮＨ，１９９８．Ａｎｔｉｆｕｎｇａｌｓ：Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ

ｉｎｏｆａｃｔｉｏｎａｎｄｗｓｉｓｔａｎｃｅ，ｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄａｎｄｎｏｖｅｌｄｒｕｇｓ．ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎｉｏｎＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１：５４７－５５７

ＧｉｌｂｅｒｔＷｊ１９７８．Ｗｈｙｇｅｎｅｓｉｎｐｉｅｃｅｓ？Ｎａｔｕｒｅ．２７１：５０１

ＧｏｆｆｃａｕＡ．ＢａｒｒｃｌｌＢＱＢｕｓｓｃｙＨ，ＤａｖｉｓＲＷ，ＤｕｊｏｎＢ，Ｆｅｌｄｍａｎｎ琢ＧａｌｉｂｅｒｔＦ’ＨｏｈｅｉｓｅｌＪＤ，ＪａｃｑＣ，ＪｏｈｎｓｔｏｎＭ，１９９６．Ｌｉｆｅ

ｗｉｔｈ６０００ｇｅｎｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７４：５４６—５６７

Ｇｕｉｇｏ＆ＫｎｕｄｓｅｎＳ，ＤｒａｋｅＮ，ＳｍｉｔｈＴ’１９９２．Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｇｅｎｅｓｌｒｕｃｔｕ地．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ．２２６：１４１．１５７ＨｏａｎｇＬＭ，ＭａｇｕｉｔｅＳＡ，ＤｏｙｌｅＰ’ＶｙｆｅＭ’ＲｏｓｃｏｅＤＬ，２００４．ＣｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｎｅｏｆｏｒｍａｎｓｉｎｆｅｅｔｉｏｍａｔＶａｎｃｏｕｖｅｒＨｏｓｐｉｔａｌａｎｄ

ＨｅａｌｔｈＳｃｉｅｎｃｅｓＣｅｎｔｒｅ（１９９７－２００２）：Ｅｐｉｄｃｍｉｏｌｏｇｙ，ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙａｎｄｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ．Ｊｏｕｒｎａ／ｏｆＭｅｄｉｃａｌＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，５３：９３５．９４０

Ｉ－ＩｓｉａｎｇＴ’ＧｏｏｄｗｉｎＰＨ，２００３．Ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｉｎｇｐｌａｎｔａｎｄｆｕｎｇａｌ￥郇珊ｃｅｓｉｎＥＳＴｓｆｒｏｍｉｎｆｅｃｔｅｄｐｌａｎｔｔｉｓｓｕｅｓ．Ｊｏｕｒｎａｌｏｆ

ＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌＭｅｔｈｏ西．５４：３３９－３５１

ＨｓｉａｎｇＴ’ＢａｉｌｌｉｅＤＬ，２００６．Ｉｓｓｕｅｓｉｎ

ＩｓｓｕｅｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅⅫｇｅｎｏｍｉｅｓ．Ａｐｐｌｉｅｄ

ｙｅａｓｔＭｙｃｏｌｏｇｙａｎｄＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ６：１００－１２２．ｐｒｏｔｅｏｍｅｔｏｏｔｈｅｒｆ：ｌ：ｍｇａｌｇｅｎｏｍｅｓｔｏｆｉｎｄＨｓｉａｎｇＴ，ＢａｉＵｉｅＤＬ，２００５．Ｃｏｍｐａｒｉ啪ｏｆｔｈｅ

ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｖｏｌｕｔｉｏｎ，６０：４７５－４８３

Ｊｏｎｅｓｃ妣‰ｇａｌｇｅｎｅｓ．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＴ，ＦｅｄｅｒｓｐｉｅｌＮＡ，ＣｈｉｂａｎａＨ，ＤｕｎｇａｎＪ，ＫａｌｍａｎＳ，ＭａｇｅｅＢＢ，ＮｅｗｐｏｒｔＱＴｈｏｒｓｔｅｍｍ咀ＹＲ，Ａｇａｂｔ蛆Ｎ。ＭａｇｅｅＰＴ，

Ｕｎｉｔｅｄ２００４．ＴｈｅｄｉｐｌｏｉｄｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆＣａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ．ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆｔｈｅ

ＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａ，１０１：７３２９－７３３４

ＫｅｌｌｉｓＭ，ＢｉｒｒｅｎＢＷ，ＬａｎｄｅｒＥＳ，２００４．Ｐｒｏｏｆａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙａｎａｌｙｓｍｏｆａｎｃｉｅｎｔｇａｎｏｍｅｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｉｎｔｈｅｙｅａｓｔ

Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ．Ｎａｔｕｒｅ，４２８：６１７－６２４

ＫｄｌｉｓＭ，ＰａｔｔｅｒｓｏｎＮ’ＥｎｄｒｉｚｚｉＭ，ＢｉｔｔｅｎＢ，ＬａｎｄｅｒＥＳ。２００３．Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｙｅａｓｔｓｐｅｃｉｅｓｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｇｅｎｅｓ

ａｎｄｒｅｇｕｈｔｏｒｙｅｌｅｍｅｎｔｓ．Ｎａｔｕｒｅ，４２３：２４１－２５４

ＫｅｓｓｌｅｒＭＭ，ＷｉＵｉｎｓＤＡ，ＺｅｎｇＱ，ＤｅｌＭａｓｌａ－ｏＲＧＣｏｏｋ＆Ｄｏｕｏｅｔｔｅ—ＳｔａｍｍＬ，ＬｅｅＥＣａｒｏｎＡ，ＭｅＣｌａｎａｈａｎＴＫ，ＷａｎｇＬ＇

ＧｒｅｅｎｅＪ’ＨａｒｅＲＳ，ＣｏｔｔａｒｃｌＱＳｈｉｍｅｒＧＨ．２００２．Ｔｈｅ懈ｏｆｄｉｒｏｃｔｅＤＮＡｓｅｌｅｃｔｉｏｎｔｏｒａｐｉｄｌｙａｎｄｅｆｆｅｃｔｉｖｅｌｙｉｄｅｎｔｉｆｙｇｅｎｅｓｉｎｔｈｅｆｕｎｇｕｓ■币吲ｆｆｌ格胁ｉｇ甜淞．ＦｕｎｇａｌＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＢｉｏｌｏｇｙ，３６：５９－７０

Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ．Ｗａｌｌｉｎｇｆｏｒｄ，弧１－６５５ＫｋｋＰＭ，ＣａｎｎｏｎＰＦ＇ＤａｖｉｄＪＣ，ＳｔａｌｐｅｒａＪＡ，２００１．Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆｔｈｅｆｕｎｇｉ．严ｅｄ．ＣＡＢ

ＫｏｆｆＬ２００４．Ｇｅｎｅｆｉｎｄｉｎｇｉｎｎｏｖｅｌｇｅｎｏｍｅｓ．ＢＭＣＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．５：５９万方数据　ｈｔｔｐ：／／ｊｏｕｒｎａｌｓ．ｉｍ．ａｃ．ｃｎ／ｊｗｘｔｃｎ

！！！．Ｍｙｃｏｓｙｓｔｅｍａ

ＫｏｆｆＩ，ＦｆｉｃｅｋＰ’ＤＩｌａｎＤ，ＢｒｅｎｔＭＲ，２００１．Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇｇ∞ｏＩＩｌｉｃｈｏｍｏｌｏｇｙｉｎｔｏｇｅｎｅ

１４０－１４８ｓ虮ｌｃｔ眦ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．１７：

Ｋｏｓｚｕｌ氏ＣａｂｕｒｅｔＳ，ＤｕｊｏｎＢ，ＦｉｓｃｈｅｒＧ２００４．Ｅｕｃａｒｙｏｔｉｃｇｅｎｏｍｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎｔｈｒｏｕｇｈｔｈｅｓｐｏｎｔａｎｅｏｕｓｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｌａｒｇｅｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌｓｅｇｍｅｎｔｓ．ＴｈｅＥＭＢＯＪｏｕｒｎａｌ，２３：２３４．２４３

Ｌ－ｐｈａｒｔＰＫＣｈｉｂａｎａＨ，ＭａｇｃｃＩＴ，２００５．ＥｆｆｅｃｔｏｆｔｈｅｍａｊｏｒｒｅｐｅａｔｓｅｑｕｅｎｃｅｆｉｌｌｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｌｏｓｓｉｎＣａｎｄｉｄａａｌｂｉｃａｎｓ．ＥｕｋａｒｙｏｔｉｅＣｅｌｌ，４：７３３・７４１

ＬｉＷ’ＲｅｈｍｅｙｅｒＣＪ，ＳｔａｂｅｎＣ，ＦａｒｍａｎＭＬ，２００５．ＴＥＲＭＩＮＵＳ・Ｔｅｌｏｍｅｒｉｃｅｎｄ－ｒｅａｄｍｉｎｉｎｇｉｎｕｎａｓｓｅｍｂｌａｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２１：１６９５—１６９８

ＬｏｆｌｕｓＢＪ，ＦｔｍｇＥ，ＲｏｎｃａｇｌｉａＰ，ＲｏｗｌｅｙＤ，ＡｍｅｄｅｏＰ，ＢｒｕｎｏＤ，ＶａｍａｔｈｅｖａｎＪ’ＭｉｒａｎｄａＭ，ＡｎｄｅｒｓｏｎＵ．ＦｒａｓｅｒＪＡ，２００５．Ｔｈｅｇｅｎｏｎ世ｏｆｔｈｅｂａｓｉｄｉｏｍｙｃｅｔｏｕｓｙｅａｓｔａｎｄｈｕｍａｎｐａｔｈｏｇｅｎＣｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０７：１３２１．１３２４ＬｙｎｃｈＭ，ＲｉｃｈａｒｄｓｏｎＡＯ，２００２．Ｔｈｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｓｐｌｉｃｅｏｓｏｍａｌｉｎｔｒｏｎｓ．ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎｉｏｎ加ＧｅｎｅａｃｓａｎｄＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ１２：７０１．７１０

Ｍｓａ如ＬＶ，ＷｂｅｅｌｉｓＭ，２００３・Ｔｈｅｔｈｒｅａｔｏｆｐｌａｎｔｐａｔｈｏｇｅｎｓ

４１：１５５．１７６ａｓｗｅａｐｏｎｓａｇａｉｎｓｔＵ．Ｓ．ｃｒｏｐｓ．ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＰｈｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，

ＭｏｕｎｅｒＴ，ＪｅｆｆａｒｅｓＤＣ，２００３．Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｉｎｔｒｏｎｌｏｓｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，３００：１３９３

ＮｉｅｌｓｅｎＣＢ，ＦｒｉｅｄｍａｎＢ，ＢｉｒｒｅｎＢ，ＢｕｒｇｅＣＢ，ＧａｌａｇａｎＪＥ，２００４．Ｐａｔｔｅｒｎｓｏｆｉｎｔｒｏｎｇａｉｎａｎｄｌｏｓｓｉｎｆｕｎｇｉ．ＰＬｏＳＢｉｏｌｏｇｙ，２：４２２

ＰｅｖｓｎｅｒＪ，２００３．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｅｎｏｍｉｃｓ．ＪＯｂｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．．，ＵＳＡ．１－６６０

ＲｏｙＳＷ，Ｇｉｌｂｅｒｔｗ：２００５ａ．Ｃｏｍｐｌｅｘｅａｒｌｙｇｅｎｅｓ．ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａ，１０２：１９８６－１９９１

Ｒｏｙｓｗ，ＧｉｌｂｅｒｔＷ，２００５ｂ．Ｔｈｅｐａｔｔｅｒｎｏｆｉｎｔｒｏｎｌｏｓｓ．ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａ，１０２：７１３－７１８

ＳａｌａｍｏｖＡＡ，ＳｏｌｏｖｙｅｖＶＶ，２０００．Ａ６ｉｎｉｔｉｏｇａｎｅｆｉｎｄｉｎｇｉｎＤｒｏｓｏｐｈｉｌａｇ锄ｍｉｃＤＮＡ．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈ，１０：５１６－５２２ＳａｌｚｂｅＴｇＳＬ，Ｐ凹ｔｅａＭ，ＤｃｌｃｈｃｒＡＬ，ＧａｒｄｎｅｒＭＪ，ＴｅｔｔｅｌｉｎＨ，１９９９．ＩｎｔｅｒｐｏｌａｔｅｄＭａｒｋｏｖｍｏｄｅｌｓｆｏｒｅｕｋａｔｙｏｔｉｃｇｅｎｅＧｅｎｏｍｉｃｓ，５９：２４．３１ｆｉｎｄｉｎｇ．

ＳａｕｇａｒＦ，１９７７．Ｎｕｅｌｅｏｆｉ＆ｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｐｈｉＸ１７４ＤＮＡ．Ｎａｔｕｒｅ，２６５：６８７—８９５

ＳｃｈｏｃｈＣＬ，ＡｉｓｔＪＲ，ＹｏｄｅｒＯＣ，ＴｕｒｇｅｏｎＢＧ２００３．Ａｃｏｍｐｌｅｔｅｉｎｖｅｎｔｏｒｙｏｆｆｕｎｇａｌｋｉｎｅｓｉｎｓｉｎｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅｆｉｌａｍｅｎｔｏｕｓａｓｃｏｍｙｃｅｔｅｓ．ＦｕｎｇａｌＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＢｉｏｌｏｇｙ，３９：１－１５

ＳｌａｔｅｒＧＳ・ＢｉｒｎｅｙＥ，２００５．Ａｕｔｏｍａｔｅ姐ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｏｆｈｅｎｒｉｓｔｉｃｓｆｏｒｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ．ＢＭＣＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ。６：３１ＳｏｌｔｉｓＤＥ，ＡｌｂｅｒｔＶＡ，ＳａｖｏｌａｉｎｅｎＶ，ＨｉｌｕＨ，ＱｉｕＹＬ，ＣｈａｓｅＭＷ９Ｆａｎ＇ｉｓＪＳ，ＳｔｅｆａｎｏｖｉｃＳ，ＲｉｃｅＤＷ，ＰａｌｍｅｒＪＤ，ＳｏｌｔｉｓＰＳ。２００４．Ｇｅｎｏｍｅ‘８Ｃ．４１１ｃｄａｔａ，ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ，ａｎｄ‘ｅｎｄｉｎｇｉｎｅｏｎｇｒｕｅｎｃｅ’：ａｃａｕｔｉｏｎａｒｙｔａｌｅｉｎｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ．ＴｒｅｎｄｓｉｎＰｌａｎｔＳｃｉｅｎｃｅ，１９：４７７－４８３

ｆｕｎｇｕｓＳｔａｊｉｃｈＪＥ，ＤｉｅｔｒｉｃｈＦＳ・２００６・ＥｖｉｄｅｎｃｅｏｆｍＲＮＡ－ｍｅｄｉａｔｅｄｉｎｔｒｏｎｌｏｓｓｉｎｔｈｅｈｕｍａｎ－ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ

ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ．ＥｕｋａｒｙｏｔｉｃＣｅｔｔ，５：７８９—９３

ＳｔａｊｉｃｈＪＥ，ＲｏｙＣｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｓｗ，ＤｉｅｔｒｉｃｈＦＳ，２００５．Ｆｔｍｇａｌｉｎｔｒｏｎｅｖｏｌｕｔｉｏｎ：ｌｏｓｓ。ｇａｉｎ，ａｎｄｒｅｔｅｎｔｉｏｎ．Ｏｍｐ：／／ｆｕｎｇａｌ．ｇｅｎｏｍｅ．ｄｕｋｅ．ｅｄｕ／ｑｅｓｌ２／ｔａｌｋｓ／２００５－０５・１６－ＡｓｉｌｏｍａｒＰｏｓｔｅｒ．ｐｄ０

万方数据　

Ｖ０１．２７Ｎｏ．５７８７ＳｔａＩｌｋｃＭ，Ｓｔｅｉｎｋａｍｐ＆ＷｓａｃｋＳ，ＭｏｒｇｅｎｓｔｅｒｎＢ，２００４．ＡＵＧＵＳＴＵＳ：Ａｗｅｂ８ａ＇ｖｃｒｆｏｒｇｅｎｅｆｍｆｆｍｇｉｎｅｕｋａｒｙｏｔｅｓ．ＮｕｃｌｅｉｃＳｕａｎｇｅＲＮ，ＳｃｏｔｔＰＲ，２００５．Ｐｌａｎｔｄｉｓｅａｓｅ：ａｔｈｒｅａｔｔｏｇｌｏｂａｌｆｏｏｄｓｅｃｕｒｉｔｙ．ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＰｈｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，４３：８３．１１６ＳｗａｒｍＭＮ，１９９４・Ｈｏｓｐｉｔａｌ－ａｃｑｕｉｒｅｄｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ：ｄｉｓｅａｓｅｓｗｉｔｈｉｎｃｒｅａｓｉｎｇｌｙｆｉｎｎｔｅｄｔｈｅｒａｐｉｅｓ．ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌ

ＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｅｉ鲫ｅｓｏｆｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａ，９１：２４２０－２４２７

ＴａｙｌｏｒＴＮ，ＨａｓｓＨ，ｋ叩Ｈ，１９９９．Ｔｈｅｏｌｄｅｓｔｆｏｓｓｉｌａｓｃｏｍｙｃｅｔｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ。３９９：６４８ＴｅｎｎｅｙＡＥ，ＢｒｏｗｎＲＨ，ＶａｓｋｅＣ，Ｌｏｄｇｅ取ＤｏｅｒｉｎｇＴＬ，ＢｌｅｎｔＭＲ，２００４．Ｇｃ∞ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎａｎｄｖｅｒｉｆｉｃａｔｉｏｎｉｎａｃｏｍｐａｃｔ

ｇｅｎｏｍｅｗｉｔｈｎｕｌｌｌＣｌ－ＯＵＳｓｍａｌｌｉｎ臼ｏｎｓ．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈ，１４：２３３０－２３３５

ＶｉｎｓｏｎＪＰ，Ｊａｆｆｅ舶，Ｏ’ＮｅｉｌｌＫＫａｒｌｓｓｏｎＥＫ，Ｓｔａｎｇｅ－ＴｈｏｍａｎｎＮ，ＡｎｄｅｒｓｏｎＳ，ＭｅｓｉｒｏｖＪｒ，ＳａｔｏｈＮ，ＳａｔｏｕＹＮｕｓｂａｕｍＣ，

２００５．Ａｓｓｅｍｂｌｙｏｆｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｇｅｎｏｍｅｓ：ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓａｎｄａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｔｏｃ】．ＤＭｓａｖｉｇｎｙｉ．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈ．１５：１１２７．１１３５

ＷｏｌｆＹＩ，ＲｏｇｏｚｉｎＩＢ，Ｃ－ｒｉｓｈｉｎＮＶＴａｔｕｓｏｖＲＬ，ＫｏｏｎｉｎＥＶ，２００１．Ｇｅｎｏｍｅｆｒｉｅｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｕｓｉｎｇｆｉｖｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔａｐｐｒｏａｃｈｅｓ

ｓｕｇｇｅｓｔｎｆｗｍ面ｏｒｂａｃｔｅｒｉａｌｃｌａｄ懿．ＢＭＣＥｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙＢｉｏｌｏｇｙ．Ｉ：８

ＫＨ，ＳｈｉｅｌｄｓＤＣ，１９９７．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｅｖｉｄｅｎｃｅｆｏｒａｎａｎｃｉｅｎｔｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｅｎｔｉｒｅｙｅａｓｔｇｅｎｏｍｅ．Ｎａｔｕｒｅ，３８７：７０８．７１３ＶＲ，ＧｗｉｌｌｉｎｍＭＡ，ＲａｊａｎｄｒｅａｍＭ，ＬｙｎｅＲＬｙｎｅＡ，ＳｔｅｗａｒｔＪ，ＳｇｏｕｒｏｓＮ，ＰｅａｔＪ，ＨａｙｌｅｓＳ。ＢａｋｅｒＤ，２００２．Ｔｈｅｇｅｎｏｎ硷ｓｅｑ咖∞ｏｆＳｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ．Ｎａｔｕｒｅ．４１５：８７１．８８０

ＪＲ，ＰｅｎｇＹＬ，ＤｉｃｋｍａｎＭＢ，Ｓｈａｒｏｎ＾２００６．Ｔｈｅｄａｗｎｏｆｆｕｎｇａｌｐａｔｈｏｇｅｎｇｅｎｏｍｉｃｓ．ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＰｈｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，４４：３３７－３６６

Ｙ，Ｓｔａｎｇｅ。ＴｈｏｍａｎｎＮ，ＷｅｂｅｒＧｌＢｏＫＤｏｄｇｅＳ，ＤａｖｉｄＲＧ，ＦｏｌｅｙＫ，ＢｅｈｅｓｈｔｉＪ，ＨａｒｒｉｓＮＬ，ＢｉｔｔｅｎＢ，ＬａｎｄｅｒＥ，ＭｅｙｅｒｓｏｎＭ，２００３．Ｐａｔｈｏｇｅｎｄｉｓｃｏｖｅｒｙｆｒｏｍｈｕｍａｎｔｉｓｓｕｅｂｙｓｅｑｕｅｎｃｅ－ｂａｓｅｄｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，８１：３２９．３３５ｍ，ＫｅｌｌｅｒＮ，２００５．Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆｓｅｃｏｎｄａｒｙｍｅｔａｂｏｌｉｓｍｉｎｆｉｌａｍｅｎｔｏｕｓｆｕｎｖ：．ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＰｈｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，４３４３７－４５８

ＲＳ，Ｉ．七‘ｍｇＳＡ，ＴｅｅｎｇＰＳ，１９９４．Ｒｉｃｅｂｌａｓｔｄｉｓｅａｓｅ．ＣＡＢＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｗａｌｌｉｎｇｆｏｒｄ，ＩｒＫ．Ａ’ＢｅｎｃｉｎａＭＢｏｗｍａｎＢＷ，ＹａｒｄｅｎＯ，ＲｅａｄＮＤ，２００４．ＡｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｇｅｎｏｍｉｃａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅｃａｌｃｉｕｍｓｉｇｎａｌｉｎｇｍａｃｈｉｎｅｒｙｉｎＮｅｕｒａｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ，Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ，Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｆｕｍ蜘ｔｕｓａｎｄＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ．ＦｕｎｇａｌＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＢｉｏｌｏｇｙ，４１：８２７－８４１

Ｑ，ＭｏｒａｌｅｓＡＪ，Ｃｏｔｔａ陀ｌＧ２００１．Ｆｕｎｇｉａｎｄｈｕｍａｎｓ：ｃｌｏｓｅｒｔｈａｎｙｏｕｔｈｉｎｋ．ＴｒｅｎｄｓｉｎＧｅｎｅｔｉｃｓ．１７：６８２－６８４Ｓ，ＫＡｌｅＡ，ＫｖｉｋｓｔａｄＥ，ＢｅｃｈｎｅｒＭ，ＳｅｖｅｒｉｎＪ，ＦｏｒｒｅｓｔＤ，ＲｕｎｎｈｅｉｍＫＣｈｕｍｓＣＡｎａｎｔｈａｒａｍａｎＴＳ，ＭｙｌｅｒＥ２００４．ＳｈｏｔｇｕｎｏｐｔｉｃａｌｍａｐｐｉｎｇｏｆｔｈｅｅｎｔｉｒｅＬｅｉｓｈｍａｎｉａｍａｊｏｒＦｒｉｃｄｌｉｎｇｅｎｏｍｅ．ＭｏｌｅｃｕｌａｒａｎｄＢｉｏｃｈｅｍｉｃａｌＰａｒａｓｉｔｏｌｏｇｙ，１３８：９７．１嘶

万　方数据ｈｔｔｐ：／／ｊｏｕｒｎａｌｓ．ｉｍ．ａｃ．ｃｎ／ｊｗｘｔｃｎＷｏｌｆｅＷｏｏｄＸｕＸｕＹｕＺｅｉｇｌｅｒＺｅｌｔｅｒＺｅｎｇＺｈｏｕ［附中文参考文献］孙之荣，主译，２００６．生物信息学与功能基因组学．北京，化学工业出版社．１－７０６

真菌基因组学研究进展

作者：

作者单位：

刊名：

英文刊名：

年，卷(期)：

被引用次数：余知和，高元钢，曾昭清，苏坤，肖力，骆名凤， YU Zhi-He， GAO Yuan-Gang，ZENG Zhao-Qing， SU Kun， XIAO Li-LUO， Ming-Feng 长江大学生命科学学院,荆州,434025菌物学报MYCOSYSTEMA 2008,27(5)16次

参考文献(66条)

1. 孙之荣生物信息学与功能基因组学 2006

2. Aparicio S;Chapman J;Stupka E;Pumam N Chia JM Dehal P Christoffeis A Rash S Hoon S Smit A Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes 2002

3. Bernal A;Ear U;Kyrpides N Genomes OnLine Database (GOLD):a monitor of genome projects world-wide2001

4. Boeke JD;Garfinkel DJ;Styles CA;Fink GR Ty elements transpose through an RNA intermediate 1985

5. Borkovich KA;Alex LA;Yarden O;Freitag M Tumor GE Read ND Seiler S Bell-Pedersen D Paietta JPlesofsky N Lessons from the genome sequence of Neurospora crassa:Tracing the path from genomicblueprint to multicellular organism 2004

6. Braun BR;van Het Hoog M;d'Enfert C;Martchenko M Dungan J Kuo A Inglis DO Uhl MA Hogues H BerrimanM A human-curated annotation of the Candida albicans genome 2005(El)

7. Chiller TM;Galgiani JN;Stevens DA Coccidioidomycosis 2003

8. Cliften PF;Sudarsanam P;Desikan A;Fulton L Fulton B Majors J Waterston R Cohen BA Johnston M Finding functional features in Saccharomyces genomes by phylogenetic footprinting 2003

9. Dasbach EJ;Davies GM;Teutsch SM Burden of aspergillosis-related hospitalizations in the UnitedStates 2000

10. Dean RA;Talbot NJ;Ebbole DJ;Farman ML Mitchell TK Orbach MJ Thon M Kulkarni R Xu JR Pan H The genome sequence of the rice blast fungus Magnaporthe grisea 2005

11. Dear PH;Cook PR Happy mapping:Linkage mapping using a physical analogue of meiosis 1993

12. Dujon B;Sherman D;Fischer G;Durrens P Casaregola S Lafontaine I DeMontigny J Marck C Neuveglise CTalla E Genome evolution in yeasts 2004

13. Farman ML;Leong SA Genetic and physical mapping of telomeres in the rice blast fungus,Magnaporthegrisea 1995

14. Galagan JE;Calvo SE;Borkovich KA;Selker EU Read ND Jaffe D FitzHugh W Ma LJ Smirnov S Purcell S The genome sequence of the filamentous fungus Neurospara crassa 2003

15. Galagan JE;Calvo SE;Cuomo C;Ma L J,Wortman J,Batzoglou S,Lee SI,Basturkmen M,Spevak C,ClutterbuckJ Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A.fumigatus and A.oryzae 2005

16. Galagan JE;Henn MR;Ma LJ;Cuomo CA Bitten B Genomics of the fangal Kingdom:insights intoeukaryotic biology 2005

17. Georgopapadakou NH Antifungals:Mechanism of action and resistance,established and novel drugs

1998

18. Gilbert W Why genes in pieces? 1978

19. Goffeau A;Barrell BG;Bussey H;Davis RW Dujon B Feldmann H Galibert F Hoheisel JD Jacq C JohnstonM Life with 6000 genes 1996

20. Guigo R;Knudsen S;Drake N;Smith T Prediction of gene structure 1992

21. Hoang LM;Maguire JA;Doyle P;Fyfe M Roscoe DL Cryptococcus neoformans infections at VancouverHospital and Health Sciences Centre (1997-2002):Epidemiology,microbiology and histopathology 2004

22. Fsiang T;Goodwin PH Distinguishing plant and fungal sequences in ESTs from infected plant tissues 2003

23. Hsiang T;Baillie DL Issues in comparative fungal genomics 2006

24. Hsiang T;Baillie DL Comparison of the yeast proteome to other fungal genomes to find cote fungalgenes 2005

25. Jones T;Federspiel NA;Chibana H;Dungan J Kalman S Magee BB Newport G Thorstenson YR Agabian NMagee PT The diploid genome sequence of Candida albicans 2004

26. Kellis M;Birren BW;Lander ES Proof and evolutionary analysis of ancient genome duplication in theyeast Saccharomyces cerevisiae 2004

27. Kellis M.;Patterson N.;Endrizzi M.;Birren B.;Lander ES. Sequencing and comparison of yeastspecies to identify genes and regulatory elements[外文期刊] 2003(6937)

28. Kessler MM;Willins DA;Zeng QD;Del Mastro RG;Cook R The use of direct cDNA selection to rapidlyand effectively identify genes in the fungus Aspergillus fumigatus[外文期刊] 2002(1)

29. Kirk PM;Cannon PF;David JC;Stalpera JA Dictionary of the fungi 2001

30. Koff I Gene finding in novel genomes 2004

31. Korf I;Flieek P;Duan D;Brent MR Integrating genomic homology into gene structure prediction 2001

32. Koszul R;Caburet S;Dujon B;Fischer G Eucaryotic genome evolution through the spontaneousdupficafion of large chromosomal segments 2004

33. Lephart PR;Chibana H;Magee PT Effect of the major repeat sequence on chromosome loss in Candidaalbicans 2005

34. Li W;Rehmeyer CJ;Staben C;Farman ML TERMINUS-Telomeric end-read mining in unassemblad sequences2005

35. Loftus B J;Fong E;Roncaglia P;Rowley D Amedeo P Bruno D Vamathevan J Miranda M Anderson IJ FraserJA The genome of the basidiomycetous yeast and human pathogen Cryptococcus neoformans 2005

36. Lynch M;Richardson AO The evolution of spliceosomal introns 2002

37. Madden LV;Wheelis M The threat of plant pathogens as weapons against U.S.crops 2003

38. Mourier T;Jeffares DC Eukaryotic intron loss 2003

39. Nielsen CB;Friedman B;Birren B;Burge CB Galagan JE Patterns of intron gain and loss in fungi 2004

40. Pevsner J Bioinformatics and functional genomics 2003

41. Roy SW;Gilbert W Complex early genes 2005

42. Roy SW;Gilbert W The pattern of intron loss 2005

43. Salamov AA;Solovyev VV Ab initio gene finding in Drosophila genomic DNA 2000

44. Salzberg SL;Pertea M;Delcher AL;Gardner MJ Tettelin H Interpolated Markov models for eukatyoticgene finding 1999

45. Sanger F Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA 1977

46. Schoch CL;Aist JR;Yoder OC;Turgeon BG A complete inventory of fungal kinesins in representativefilamentous ascomycetes 2003

47. Slater GS;Birney E Automated generation of heuristics for biological sequence comparison 2005

48. Soltis DE;Albert VA;Savolainen V;Hilu H Qiu YL Chase MW Farris JS Stefanovic S Rice DW Palmer JDSoltis PS Genome-scale data,angiosperm relationships,and 'ending incongruence':a cautionary tale inphylogenetics 2004

49. Stajich JE;Dietrich FS Evidence of mRNA-mediated intron loss in the human-pathogenic fungusCryptococcus neoformans 2006

50. Stajich JE;Roy SW;Dietrich FS Fongal intron evolution:loss,gain,and retention 2005

51. Stanke M;Steinkamp R;Waack S;Morgenstern B AUGUSTUS:A web server for gene finding in eukaryotes2004

52. Strange RN;Scott PR Plant disease:a threat to global food security 2005

53. Swartz MN Hospital-acquired infections:diseases with increasingly limited therapies 1994

54. Taylor TN;Hass H;Kerp H The oldest fossil ascomycetes 1999

55. Tenney AE;Brown RH;Vaske C;Lodge JK Doering TL Brent MR Geue prediction and verification in acompact genome with numerous small introns 2004

56. Vinson JP;Jaffe DB;O'Neill K;Karlsson EK Stange-Thomann N Anderson S Mesirov JP Satoh N Satou YNusbaum C Assembly of polymorphic genomes:algorithms and application to Ciona savignyi 2005

57. Wolf YI;Rogozin IB;Grishin NV;Tatosov RL Koonin EV Genoma trees constructed using five differentapproaches suggest new major bacterial clades 2001

58. Wolfe KH;Shields DC Molecular evidence for an ancient duplication of the entire yeast genome 1997

59. Wood VR;Gwilliam MA;Rajandream M;Lyne R Lyne A Stewart J Sgouros N Peat J Hayles S Baker D The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe 2002

60. Xu JR;Peng YL;Dickmun MB;Sharon A The dawn of fungal pathogen genomics 2006

61. Xu Y;Stange-THomann N;Weber G;Bo R Dodge S David RG Foley K Beheshti J Harris NL Bitten B LanderE Meyerson M Pathogen discovery from human tissue by sequence-based computational subtraction 2003

62. Yu JH;Keller N Regulation of secondary metabolism in filamentous fungi 2005

63. Zeigler RS;Leong SA;Teeng PS Rice blast disease 1994

64. Zelter A;Bencina M;Bowman BW;Yarden O Rend ND A comparative genomic analysis of the calcium

signaling machinery in Neuraspora crassa,Magnaporthe grisea,Aspergillus fumigatus and Saccharomycescerevisiae 2004

65. Zeng Q;Morales A J;Cottarel G Fungi and humans:closer than you think 2001

66. Zhou S;Kile A;Kvikstad E;Bechner M Severin J Forrest D Runnheim R Churas C Anantharaman TS MylerP Shotgun optical mapping of the entire Leishmania major Friedlin genome 2004

本文读者也读过(7条)

1. 李筱芳. 刘维达医学真菌基因组学的研究进展[期刊论文]-微物生与感染2006,1(1)

2. 张小霞. 张忠信病毒对细胞凋亡的影响及作用机理[期刊论文]-中国病毒学2002,17(3)

3. 陈为民. 崔治中. 段玉友. 刘岳龙用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA[期刊论文]-中国病毒学1999,14(1)

4. 周建芬. 曾昭清. 高元钢. 余知和. ZHOU Jian-Fen. ZENG Zhao-Qing. GAO Yuan-Gang. YU Zhi-He 真菌基因组数据库概况[期刊论文]-微生物学通报2008,35(8)

5. 万崎. 章晓联. 陈新文分子伴侣与病毒糖蛋白[期刊论文]-中国病毒学2002,17(4)

6. 李升伟. 邱建康进入基因组学时代的营养食品科学[期刊论文]-世界科学2006(12)

7. 汪天虹. 钟耀华. 王晓利. WANG Tianhong. ZHONG Yaohua. WANG Xiaoli 丝状真菌基因组学研究进展[期刊论文]-科技导报2007,25(11)

引证文献(14条)

1. 占萍,王冲,刘维达医学真菌基因组学研究进展（上）[期刊论文]-中国真菌学杂志 2013(03)

2. 王亚之,李秋实,陈士林,孙超,宋经元基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定[期刊论文]-世界科学技术-中医药现代化 2010(03)

3. 吴兴伟球孢白僵菌T-DNA插入突变体Mu10的获得[学位论文]硕士 2009

4. 王龑,刘阳,刘伊宁产毒真菌基因组研究进展[期刊论文]-生物技术通报 2015(02)

5. 张孝彬绿僵菌葡聚糖转移酶Mwg1的基因功能研究[学位论文]硕士 2013

6. 胡东芳,张吉光,杨继娟,胡小平,陈艳,杨家荣室温条件下保存于矿物油中的植物病原真菌存活力[期刊论文]-西北农业学报 2010(06)

7. 张春燕,李伟,孙海燕,邓渊钰,张爱香,陈怀谷,王志伟实时定量PCR法预测禾谷丝核菌Rhizoctonia cerealis基因组大小[期刊论文]-微生物学通报 2014(09)

8. 李秋实,徐江,朱英杰,孙超,宋经元,陈士林基于流式细胞技术的灵芝基因组大小估测[期刊论文]-菌物学报2013(05)

9. 姜楠,陈祖耕,朱旭东真菌生物信息学研究概况[期刊论文]-菌物学报 2013(z1)

10. 姜楠,陈祖耕,朱旭东真菌生物信息学研究概况[期刊论文]-菌物学报 2013(z1)

11. 刘淑艳,李广,李玉菌物基因组测定研究进展[期刊论文]-吉林农业大学学报 2014(01)

12. 李秋实,徐江,朱英杰,孙超,宋经元,陈士林基于流式细胞技术的灵芝基因组大小估测[期刊论文]-菌物学报2013(05)

13. 吴兴伟球孢白僵菌T-DNA插入突变体Mu10的获得[学位论文]硕士 2009

14. 李娟真菌枯草杆菌素丝氨酸蛋白酶超家族分子进化研究[学位论文]博士 2010

引用本文格式：余知和. 高元钢. 曾昭清. 苏坤. 肖力. 骆名凤. YU Zhi-He. GAO Yuan-Gang. ZENG Zhao-Qing. SU Kun. XIAO Li-LUO. Ming-Feng 真菌基因组学研究进展[期刊论文]-菌物学报 2008(5)