新农合结算流程：
门诊结算：农牧民持卡到医疗定点单位进行门诊就诊登记，经门诊医生诊断后对其开据新农合门诊处方，农牧民到收费处持新农合医疗卡进行结算，结算窗口医务人员现场告知结算补偿情况，补偿后剩余金额由农牧民个人付费。 住院结算：
一、住院登记。参保患者（指参加新农合保险的人员）在定点医院诊治后，确需住院治疗的，凭本人新农合医保卡（身份证或户口薄），办理往院登记手续，定点医院审核参保患者的证件、参保缴费情况，按医院规定缴纳押金后办理参保患者住院手续，并上传至新农合信息系统。
二、住院治疗。定点医院对进行联网结算的参保患者进行挂账治疗，按日上传参保患者的住院费用明细。参保患者出院或医疗终结时，结清个人应自费和自付费用。定点医院将费用结算信息上传至新农合信息系统。
三、费用清算。各定点医院每月25日前通过信息系统提交上月在本院实施了联网即时结算的清算申请，并将参保人上月住院人员的汇总单和相关结算资料（结算单、发票、疾病诊断书、身份证复印件等）提交到当地新农合管理中心。
（一）本辖区参保患者住院费用的清算。本地区新农合管理中心到定点住院提交的清算申请后，结合定点医院提交的结算资料进行清算认定，认定确认后将统筹支付的金额拨付给定点医院。
（二）跨区域参保患者住院费用的清算。跨区域参保农牧民住院费用按项目进行结算（即不按定额结算），各县区新农
合管理中心收到定点住院提交的清算申请后，结合定点医院提交的结算资料（发票、结算单、诊断书、身份证复印件）进行清算认定，新农合管理中心根据提交的清算拨付单进行汇总，经审批后，提交到计划财务科直接将统筹支付的金额拨付给各定点医院。信息系统应按月对各辖区跨区域统筹基金支付的情况进行汇总，本地区新农合可通过业务信息系统进行查询。
四、县外转诊。参保患者在定点医院诊治后，确因病情严重，需转县外上级医院诊治的，应在诊治医院开具转院申请（医院将转院人员上传新农合系统备案》。参保患者在定点即时结算的外地医院就医后，按规定结算自费及自付医疗费用，统筹基金应支付部分由新农合与该医院接月结算；对未进行转院人员下浮20%。在非即时结算的外地医院就医后，由参保人先自行垫付医疗费用，凭发票、汇总清单、出院诊断书（出院小结）、病历到当新农合管是中心报销医疗费用。
二次大病结算：在定点医院就医，超基本新农合医疗保险年度80000元限额农牧民自费部分，由新农合签定的商业保险公司进行补偿。补偿中设定补偿后自费部分10000元起付线，超过起付线农牧民的自费部分按照金额进行50%，55%，60%不同比例补偿。流程：由商业保险公司通知农牧民，农牧民持医院提交的结算资料（发票、结算单、诊断书、身份证复印件）进行清算认定，新农合管理中心根据提交的清算拨付单进行汇总，经审批后将合规结算资料进行赔付。
新农合结算流程：
门诊结算：农牧民持卡到医疗定点单位进行门诊就诊登记，经门诊医生诊断后对其开据新农合门诊处方，农牧民到收费处持新农合医疗卡进行结算，结算窗口医务人员现场告知结算补偿情况，补偿后剩余金额由农牧民个人付费。 住院结算：
一、住院登记。参保患者（指参加新农合保险的人员）在定点医院诊治后，确需住院治疗的，凭本人新农合医保卡（身份证或户口薄），办理往院登记手续，定点医院审核参保患者的证件、参保缴费情况，按医院规定缴纳押金后办理参保患者住院手续，并上传至新农合信息系统。
二、住院治疗。定点医院对进行联网结算的参保患者进行挂账治疗，按日上传参保患者的住院费用明细。参保患者出院或医疗终结时，结清个人应自费和自付费用。定点医院将费用结算信息上传至新农合信息系统。
三、费用清算。各定点医院每月25日前通过信息系统提交上月在本院实施了联网即时结算的清算申请，并将参保人上月住院人员的汇总单和相关结算资料（结算单、发票、疾病诊断书、身份证复印件等）提交到当地新农合管理中心。
（一）本辖区参保患者住院费用的清算。本地区新农合管理中心到定点住院提交的清算申请后，结合定点医院提交的结算资料进行清算认定，认定确认后将统筹支付的金额拨付给定点医院。
（二）跨区域参保患者住院费用的清算。跨区域参保农牧民住院费用按项目进行结算（即不按定额结算），各县区新农
合管理中心收到定点住院提交的清算申请后，结合定点医院提交的结算资料（发票、结算单、诊断书、身份证复印件）进行清算认定，新农合管理中心根据提交的清算拨付单进行汇总，经审批后，提交到计划财务科直接将统筹支付的金额拨付给各定点医院。信息系统应按月对各辖区跨区域统筹基金支付的情况进行汇总，本地区新农合可通过业务信息系统进行查询。
四、县外转诊。参保患者在定点医院诊治后，确因病情严重，需转县外上级医院诊治的，应在诊治医院开具转院申请（医院将转院人员上传新农合系统备案》。参保患者在定点即时结算的外地医院就医后，按规定结算自费及自付医疗费用，统筹基金应支付部分由新农合与该医院接月结算；对未进行转院人员下浮20%。在非即时结算的外地医院就医后，由参保人先自行垫付医疗费用，凭发票、汇总清单、出院诊断书（出院小结）、病历到当新农合管是中心报销医疗费用。
二次大病结算：在定点医院就医，超基本新农合医疗保险年度80000元限额农牧民自费部分，由新农合签定的商业保险公司进行补偿。补偿中设定补偿后自费部分10000元起付线，超过起付线农牧民的自费部分按照金额进行50%，55%，60%不同比例补偿。流程：由商业保险公司通知农牧民，农牧民持医院提交的结算资料（发票、结算单、诊断书、身份证复印件）进行清算认定，新农合管理中心根据提交的清算拨付单进行汇总，经审批后将合规结算资料进行赔付。