根据《中华人民共和国土地管理法》第四条的规定，按土地用途划分，土地分为农用地、建设用地和未利用地，其中，建设用地是指建造建筑物、构筑物的土地，包括城乡住宅和公共设施用地、工矿用地、交通水利设施用地、旅游用地、军事设施用地等。
根据《中华人民共和国土地管理法》第五十四条的规定，建设单位使用国有土地，应当以出让等有偿使用方式取得；但是，经县级以上人民政府依法批准，且符合法律规定的情形，可以以划拨方式取得。
根据《国务院关于加强国有土地资产管理的通知》的规定，自2001 年4月30日起，商业性房地产开发用地和其他土地供应计划公布后同一地块有两个以上意向用地者的土地供应必须采用招标、拍卖方式，其他土地供应尚可采用协议方式，但应做到向社会公开（涉及国家安全和保密要求除外），需地价评估。
根据《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》第四条的规定，自2002 年7月1日起，商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地和其他土地供应计划公布后同一地块有两个以上意向用地者的土地必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让，工业用地如土地供应计划公布后无两个以上意向用地者的尚可采用协议方式。
根据《协议出让国有土地使用权规定》的规定，自２００３年８月１日起，以协议方式出让国有土地使用权的出让金不得低于按国家规定所确定的最低价。有基准地价的地区，协议出让最低价不得低于出让地块所在级别基准地价的７０％。
根据《国土资源部、监察部关于继续开展经营性土地使用权招标拍卖挂牌出让情况执法监察工作的通知》（业界称为“8·31大限”）的规定，自2004年8月31日起，除原划拨土地使用权人不改变原土地用途申请补办出让手续外，商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地供应必须严格按规定采用招标拍卖挂牌方式，其他土地的供地计划公布后，同一宗地有两个或两个以上意向用地者的，也应当采用招标拍卖挂牌方式供应。不得再以历史遗留问题为由采用协议方式出让经营性土地使用权。
根据《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》的规定，自2006年8月31日起，工业用地必须采用招标拍卖挂牌方式出让，其出让价格不得低于公布的最低价标准。工业用地出让最低价标准不得低于土地取得成本、土地前期开发成本和按规定收取的相关费用之和。
根据《国土资源部、监察部关于落实工业用地招标拍卖挂牌出让制度有关问题的通知》的规定，2006年8月31日前，如市、县人民政府已经签订工业项目投资协议，确定了供地范围和价格，所涉及的土地已办理完农用地转用和土地征收审批手续的，可以继续采取协议方式出让或租赁，但必须按照《协议出让国有土地使用权规范》的有关规定，将意向出让、租赁地块的位置、用途、土地使用条件、意向用地者和土地价格等信息向社会公示后，抓紧签订土地出让或租赁合同，并在2007年6月30日前签订完毕。
根据《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》的规定，自2007年11月1日起，工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以及同一宗地有两个以上意向用地者的，应当以招标、拍卖或者挂牌方式出让。前款规定的工业用地包括仓储用地，但不包括采矿用地。
结论：
2006年8月31日前，工业用地如土地供应计划公布后无两个以上意向用地者的可以采用协议方式出让；2006年8月31日至2007年6月30日期间，工业用地原则上应当采用招标拍卖挂牌方式出让，但如在2006年8月31日前，市、县人民政府已经签订工业项目投资协议，确定了供地范围和价格，所涉及的土地已办理完农用地转用和土地征收审批手续的，可以继续采取协议方式出让，但应在2007年6月30日前签订完毕土地出让合同；2007年6月30日后，工业用地（不包括采矿用地）应当以招标、拍卖或者挂牌方式出让。
建议：
新三板挂牌或上市中，工业用地如采用协议出让方式，应从以下几个方面分析其合法性：
如《土地使用权出让合同》签订于2006年8月31日前，应关注：
1、供地计划是否公布，是否只有一个意向用地者。
2、协议出让方式是否经市、县人民政府批准同意。
3、土地使用权出让金是否低于签署土地出让合同当时当地政府按照国家规定确定的土地出让最低价标准。
4、协议价格是否经过地价评估。
5、土地出让金、契税是否缴纳完毕。
如《土地使用权出让合同》签订于2006年8月31日至2007年6月30日期间，除应关注上述5点外，还应关注：
1、土地是否已办理完农用地转用和土地征收审批手续。
2、工业项目投资协议的签订时间是否在2006年8月31日前。
3、是否按照《协议出让国有土地使用权规范（试行）》规定的程序进行公示。
如《土地使用权出让合同》签订于2007年6月30日后，应关注是否符合以下可办理协议出让的情形：
1、由于城市规划调整、经济形势发生变化、企业转型等原因，土地使用权人已依法取得的国有划拨工业用地补办出让、国有承租工业用地补办出让，符合规划并经依法批准，可以采取协议方式。
2、政府实施城市规划进行旧城区改建，需要搬迁的工业项目符合国家产业政策的，经市、县国土资源行政主管部门审核并报市、县人民政府批准，收回原国有土地使用权，以协议出让或租赁方式为原土地使用权人重新安排工业用地。拟安置的工业项目用地应符合土地利用总体规划布局和城市规划功能分区要求，尽可能在确定的工业集中区安排工业用地。
3、采矿、采石、采砂、盐田等地面生产和尾矿堆放用地，鼓励采取租赁，也可协议方式出让。各地可在不高于法律规定的工业用地最高出让年限内，结合探矿权、采矿权出让年限，灵活确定采矿用地租赁和出让年限。
法律链接：
中华人民共和国土地管理法
国务院关于加强国有土地资产管理的通知
招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定
国土资源部、监察部关于继续开展经营性土地使用权招标拍卖挂牌出让情况执法监察工作的通知
国务院关于深化改革严格土地管理的决定
招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定
协议出让国有土地使用权规定
协议出让国有土地使用权规范（试行）
国务院关于加强土地调控有关问题的通知
国土资源部关于发布实施《全国工业用地出让最低价标准》的通知
国土资源部关于调整工业用地出让最低价标准实施政策的通知
国土资源部、监察部关于落实工业用地招标拍卖挂牌出让制度有关问题的通知
国务院关于促进节约集约用地的通知
国土资源部、监察部关于进一步落实工业用地出让制度的通知
最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释
根据《中华人民共和国土地管理法》第四条的规定，按土地用途划分，土地分为农用地、建设用地和未利用地，其中，建设用地是指建造建筑物、构筑物的土地，包括城乡住宅和公共设施用地、工矿用地、交通水利设施用地、旅游用地、军事设施用地等。
根据《中华人民共和国土地管理法》第五十四条的规定，建设单位使用国有土地，应当以出让等有偿使用方式取得；但是，经县级以上人民政府依法批准，且符合法律规定的情形，可以以划拨方式取得。
根据《国务院关于加强国有土地资产管理的通知》的规定，自2001 年4月30日起，商业性房地产开发用地和其他土地供应计划公布后同一地块有两个以上意向用地者的土地供应必须采用招标、拍卖方式，其他土地供应尚可采用协议方式，但应做到向社会公开（涉及国家安全和保密要求除外），需地价评估。
根据《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》第四条的规定，自2002 年7月1日起，商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地和其他土地供应计划公布后同一地块有两个以上意向用地者的土地必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让，工业用地如土地供应计划公布后无两个以上意向用地者的尚可采用协议方式。
根据《协议出让国有土地使用权规定》的规定，自２００３年８月１日起，以协议方式出让国有土地使用权的出让金不得低于按国家规定所确定的最低价。有基准地价的地区，协议出让最低价不得低于出让地块所在级别基准地价的７０％。
根据《国土资源部、监察部关于继续开展经营性土地使用权招标拍卖挂牌出让情况执法监察工作的通知》（业界称为“8·31大限”）的规定，自2004年8月31日起，除原划拨土地使用权人不改变原土地用途申请补办出让手续外，商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地供应必须严格按规定采用招标拍卖挂牌方式，其他土地的供地计划公布后，同一宗地有两个或两个以上意向用地者的，也应当采用招标拍卖挂牌方式供应。不得再以历史遗留问题为由采用协议方式出让经营性土地使用权。
根据《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》的规定，自2006年8月31日起，工业用地必须采用招标拍卖挂牌方式出让，其出让价格不得低于公布的最低价标准。工业用地出让最低价标准不得低于土地取得成本、土地前期开发成本和按规定收取的相关费用之和。
根据《国土资源部、监察部关于落实工业用地招标拍卖挂牌出让制度有关问题的通知》的规定，2006年8月31日前，如市、县人民政府已经签订工业项目投资协议，确定了供地范围和价格，所涉及的土地已办理完农用地转用和土地征收审批手续的，可以继续采取协议方式出让或租赁，但必须按照《协议出让国有土地使用权规范》的有关规定，将意向出让、租赁地块的位置、用途、土地使用条件、意向用地者和土地价格等信息向社会公示后，抓紧签订土地出让或租赁合同，并在2007年6月30日前签订完毕。
根据《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》的规定，自2007年11月1日起，工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以及同一宗地有两个以上意向用地者的，应当以招标、拍卖或者挂牌方式出让。前款规定的工业用地包括仓储用地，但不包括采矿用地。
结论：
2006年8月31日前，工业用地如土地供应计划公布后无两个以上意向用地者的可以采用协议方式出让；2006年8月31日至2007年6月30日期间，工业用地原则上应当采用招标拍卖挂牌方式出让，但如在2006年8月31日前，市、县人民政府已经签订工业项目投资协议，确定了供地范围和价格，所涉及的土地已办理完农用地转用和土地征收审批手续的，可以继续采取协议方式出让，但应在2007年6月30日前签订完毕土地出让合同；2007年6月30日后，工业用地（不包括采矿用地）应当以招标、拍卖或者挂牌方式出让。
建议：
新三板挂牌或上市中，工业用地如采用协议出让方式，应从以下几个方面分析其合法性：
如《土地使用权出让合同》签订于2006年8月31日前，应关注：
1、供地计划是否公布，是否只有一个意向用地者。
2、协议出让方式是否经市、县人民政府批准同意。
3、土地使用权出让金是否低于签署土地出让合同当时当地政府按照国家规定确定的土地出让最低价标准。
4、协议价格是否经过地价评估。
5、土地出让金、契税是否缴纳完毕。
如《土地使用权出让合同》签订于2006年8月31日至2007年6月30日期间，除应关注上述5点外，还应关注：
1、土地是否已办理完农用地转用和土地征收审批手续。
2、工业项目投资协议的签订时间是否在2006年8月31日前。
3、是否按照《协议出让国有土地使用权规范（试行）》规定的程序进行公示。
如《土地使用权出让合同》签订于2007年6月30日后，应关注是否符合以下可办理协议出让的情形：
1、由于城市规划调整、经济形势发生变化、企业转型等原因，土地使用权人已依法取得的国有划拨工业用地补办出让、国有承租工业用地补办出让，符合规划并经依法批准，可以采取协议方式。
2、政府实施城市规划进行旧城区改建，需要搬迁的工业项目符合国家产业政策的，经市、县国土资源行政主管部门审核并报市、县人民政府批准，收回原国有土地使用权，以协议出让或租赁方式为原土地使用权人重新安排工业用地。拟安置的工业项目用地应符合土地利用总体规划布局和城市规划功能分区要求，尽可能在确定的工业集中区安排工业用地。
3、采矿、采石、采砂、盐田等地面生产和尾矿堆放用地，鼓励采取租赁，也可协议方式出让。各地可在不高于法律规定的工业用地最高出让年限内，结合探矿权、采矿权出让年限，灵活确定采矿用地租赁和出让年限。
法律链接：
中华人民共和国土地管理法
国务院关于加强国有土地资产管理的通知
招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定
国土资源部、监察部关于继续开展经营性土地使用权招标拍卖挂牌出让情况执法监察工作的通知
国务院关于深化改革严格土地管理的决定
招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定
协议出让国有土地使用权规定
协议出让国有土地使用权规范（试行）
国务院关于加强土地调控有关问题的通知
国土资源部关于发布实施《全国工业用地出让最低价标准》的通知
国土资源部关于调整工业用地出让最低价标准实施政策的通知
国土资源部、监察部关于落实工业用地招标拍卖挂牌出让制度有关问题的通知
国务院关于促进节约集约用地的通知
国土资源部、监察部关于进一步落实工业用地出让制度的通知
最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释