按照结余来源分别设置“事业结余”和“经营结余”科目。期末计算结余时，分别将相应的收入和支出的有关科目余额转入该本科目。本科目贷方余额为当期实现的结余。年度终了，将结余分别转入“结余分配”科目，结转后，两科目无余额。
事业单位在进行结余核算以前，必需着重做好三方面工作：一是清理、核对年度预算收支和各项缴拨款项。对财政部门、上级单位和所属各单位之间的全年预算数以及应上缴、拨补的款项等，都应按规定逐笔进行清理结算，保证上下级之间的年度预算数、领拨经费数和上缴、下拨数一致。二是清理往来款项。按照规定应当转作各项收入或各项支出的往来款项不能挂在往来款上，凡属本年的各项收支都应及时入账，列入当年收支。三是分别计算各项结余，不能相互混淆。
1.“事业结余”的核算
“事业结余”科目核算事业单位在一定期间除经营收支以外各项经常收支相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数和结转结余分配数；如出现支大于收情况，则用红字结转到“结余分配”科目。本科目平时一般不核算，只在期末（一般在年末）转账时，将“财政补助收入”、“上级补助收入”、“附属单位缴款”、“事业收入”、“其他收入”等科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：财政补助收入
上级补助收入
附属单位缴款
事业收入
其他收入
贷：事业结余
将“拨出经费”、“事业支出”、“上缴上级支出”、“销售税金”（非经营业务）、“对附属单位补助”、“结转自筹基建”等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：事业结余
贷：拨出经费
事业支出
上缴上级支出
销售税金（非经营业务）
对附属单位补助
结转自筹基建
本科目贷方余额为当期实现的结余，借方余额为当期需要弥补的差额。年度终了，单位应将当年实现的结余全数转入“结余分配”科目，结转后，本科目无余额。
2.“经营结余”的核算
“经营结余”科目核算事业单位在一定期间各项经营收入与其相对应支出相抵后的余额。
贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数和结转结余分配数。本科目平时一般不核算，只在期末（一般在年末）转账时，将“经营收入”科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：经营收入
贷：经营结余
将“经营支出”、“销售税金”（经营业务）等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：经营结余
贷：经营支出
销售税金（经营业务）
本科目贷方余额为实现的经营结余，借方余额为经营亏损。年度终了，单位应将实现的经营结余全数转入“结余分配”科目，结转后本科目无余额。需要注意的是：如出现经营亏损，“经营结余”科目借方余额不能结转到“结余分配”科目，只能挂在“经营结余”科目，需用以后年度的经营收益来弥补。
3.专项结余的核算
专项结余是专项资金收支相抵后的余额，事业单位的专项结余分已完工项目专项结余和未完工项目专项结余。事业单位的未完工项目专项结余，结转下年继续使用，无需进行会计处理；事业单位的已完工项目专项结余，报经同级财政部门或项目财务主管部门审批后，分三种情况处理：一是给项目组的物质奖励要增列专款支出；二是留给单位的直接转入事业基金；三是收缴财政部门或项目主管单位的则冲抵拨入专款。
事业单位的已完工项目专项结余不在年末集中进行转账，而是在专项项目完工并结清收支后，根据财务管理的要求以书面材料向同级财政部门或项目财务主管部门报批后进行转账，会计分录如下：
属本单位直接实施的专项项目完工，经批准核销支出，会计分录为：
借：拨入专款
贷：专款支出
由所属单位实施的专项项目完工，经批准核销支出，会计分录：
借：拨入专款
贷：拨出专款
项目结余，经相关部门审核批准，对项目组有突出贡献人员给予物质奖励，其奖励支出要增加专款支出额度，会计分录：
借：专款支出
贷：现金（银行存款）
项目结余，经相关部门审核批准留给单位，会计分录：
借：拨入专款
贷：事业基金——一般基金
项目结余，经相关部门审核批准上缴原拨款单位，会计分录：
借：拨入专款
贷：银行存款
事业单位结余分配的会计核算
事业单位结余转入“结余分配”科目后，须进行结余的分配。被限定用途的结余，应按限定用途转入相应的基金账户。未被限定用途的结余转入事业基金。
事业单位实现的结余应按规定对其进行分配。结余的分配涉及到国家、单位、个人等各方面的利益，必须按照国家的法规、制度规定办理。
《事业单位财务规则》规定，事业单位专项结余不参与结余分配。事业单位的结余扣除专项结余后，要按下列程序分配：
一是按规定交纳所得税。
二是上缴上级款。
三是按核定比例提取职工福利基金。
四是转作事业基金。
“结余分配”科目核算事业单位当年结余分配的情况和结果。贷方登记结余转入数，借方登记结余分配数，本科目贷方余额为未分配结余，借方余额为未弥补差额。经年终转账后，“结余分配”科目无余额。
“结余分配”科目一般应设置以下明细科目：应交所得税、应缴上级款、提取职工福利基金、提取事业基金、未分配结余——事业结余、未分配结余——经营结余。
结余转入时：
借：事业结余
经营结余
贷：结余分配—未分配结余—事业结余
结余分配—未分配结余—经营结余
分配时，会计分录如下：
（1）交纳所得税：根据税法规定，属应纳税所得，按规定的税率计算缴纳应交所得税。
计提时，
借：结余分配—应交所得税
贷：应交税金—应交所得税
解交时，
借：应交税金—应交所得税
贷：银行存款
（2）上缴上级款：实行结余上缴办法的单位，所得税后结余按核定的比例或数额计算上缴上级款项。
借：结余分配—应缴上级款
贷：其他应付款—应缴上级款
（3）提取职工福利基金：按财政部门核定的比例提取职工福利基金。
借：结余分配—提取职工福利基金
贷：专用基金—职工福利基金
（4）转作事业基金：
在事业单位的资金运动过程中，事业基金起的是“蓄水池”的作用，用来调节年度之间的收支平衡，因此，按提取职工福利基金后的余额全部转作事业基金。如果收入大于支出，则继续转增事业基金，如果支出大于收入，则用以前年度的事业基金弥补其差额。在确定年初预算时，如支出安排出现缺门，也可以直接安排一部分事业基金用于弥补差额。
经上述三项分配后结余全额转作事业基金的一般基金。
借：结余分配—提取事业基金
贷：事业基金—一般基金 如单位当年“事业结余”出现红字即负结余，则“结余分配”科目出现借方余额，经批准后可用事业基金弥补。
借：事业基金—一般基金
贷：结余分配—未分配结余—事业结余
按照结余来源分别设置“事业结余”和“经营结余”科目。期末计算结余时，分别将相应的收入和支出的有关科目余额转入该本科目。本科目贷方余额为当期实现的结余。年度终了，将结余分别转入“结余分配”科目，结转后，两科目无余额。
事业单位在进行结余核算以前，必需着重做好三方面工作：一是清理、核对年度预算收支和各项缴拨款项。对财政部门、上级单位和所属各单位之间的全年预算数以及应上缴、拨补的款项等，都应按规定逐笔进行清理结算，保证上下级之间的年度预算数、领拨经费数和上缴、下拨数一致。二是清理往来款项。按照规定应当转作各项收入或各项支出的往来款项不能挂在往来款上，凡属本年的各项收支都应及时入账，列入当年收支。三是分别计算各项结余，不能相互混淆。
1.“事业结余”的核算
“事业结余”科目核算事业单位在一定期间除经营收支以外各项经常收支相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数和结转结余分配数；如出现支大于收情况，则用红字结转到“结余分配”科目。本科目平时一般不核算，只在期末（一般在年末）转账时，将“财政补助收入”、“上级补助收入”、“附属单位缴款”、“事业收入”、“其他收入”等科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：财政补助收入
上级补助收入
附属单位缴款
事业收入
其他收入
贷：事业结余
将“拨出经费”、“事业支出”、“上缴上级支出”、“销售税金”（非经营业务）、“对附属单位补助”、“结转自筹基建”等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：事业结余
贷：拨出经费
事业支出
上缴上级支出
销售税金（非经营业务）
对附属单位补助
结转自筹基建
本科目贷方余额为当期实现的结余，借方余额为当期需要弥补的差额。年度终了，单位应将当年实现的结余全数转入“结余分配”科目，结转后，本科目无余额。
2.“经营结余”的核算
“经营结余”科目核算事业单位在一定期间各项经营收入与其相对应支出相抵后的余额。
贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数和结转结余分配数。本科目平时一般不核算，只在期末（一般在年末）转账时，将“经营收入”科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：经营收入
贷：经营结余
将“经营支出”、“销售税金”（经营业务）等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：经营结余
贷：经营支出
销售税金（经营业务）
本科目贷方余额为实现的经营结余，借方余额为经营亏损。年度终了，单位应将实现的经营结余全数转入“结余分配”科目，结转后本科目无余额。需要注意的是：如出现经营亏损，“经营结余”科目借方余额不能结转到“结余分配”科目，只能挂在“经营结余”科目，需用以后年度的经营收益来弥补。
3.专项结余的核算
专项结余是专项资金收支相抵后的余额，事业单位的专项结余分已完工项目专项结余和未完工项目专项结余。事业单位的未完工项目专项结余，结转下年继续使用，无需进行会计处理；事业单位的已完工项目专项结余，报经同级财政部门或项目财务主管部门审批后，分三种情况处理：一是给项目组的物质奖励要增列专款支出；二是留给单位的直接转入事业基金；三是收缴财政部门或项目主管单位的则冲抵拨入专款。
事业单位的已完工项目专项结余不在年末集中进行转账，而是在专项项目完工并结清收支后，根据财务管理的要求以书面材料向同级财政部门或项目财务主管部门报批后进行转账，会计分录如下：
属本单位直接实施的专项项目完工，经批准核销支出，会计分录为：
借：拨入专款
贷：专款支出
由所属单位实施的专项项目完工，经批准核销支出，会计分录：
借：拨入专款
贷：拨出专款
项目结余，经相关部门审核批准，对项目组有突出贡献人员给予物质奖励，其奖励支出要增加专款支出额度，会计分录：
借：专款支出
贷：现金（银行存款）
项目结余，经相关部门审核批准留给单位，会计分录：
借：拨入专款
贷：事业基金——一般基金
项目结余，经相关部门审核批准上缴原拨款单位，会计分录：
借：拨入专款
贷：银行存款
事业单位结余分配的会计核算
事业单位结余转入“结余分配”科目后，须进行结余的分配。被限定用途的结余，应按限定用途转入相应的基金账户。未被限定用途的结余转入事业基金。
事业单位实现的结余应按规定对其进行分配。结余的分配涉及到国家、单位、个人等各方面的利益，必须按照国家的法规、制度规定办理。
《事业单位财务规则》规定，事业单位专项结余不参与结余分配。事业单位的结余扣除专项结余后，要按下列程序分配：
一是按规定交纳所得税。
二是上缴上级款。
三是按核定比例提取职工福利基金。
四是转作事业基金。
“结余分配”科目核算事业单位当年结余分配的情况和结果。贷方登记结余转入数，借方登记结余分配数，本科目贷方余额为未分配结余，借方余额为未弥补差额。经年终转账后，“结余分配”科目无余额。
“结余分配”科目一般应设置以下明细科目：应交所得税、应缴上级款、提取职工福利基金、提取事业基金、未分配结余——事业结余、未分配结余——经营结余。
结余转入时：
借：事业结余
经营结余
贷：结余分配—未分配结余—事业结余
结余分配—未分配结余—经营结余
分配时，会计分录如下：
（1）交纳所得税：根据税法规定，属应纳税所得，按规定的税率计算缴纳应交所得税。
计提时，
借：结余分配—应交所得税
贷：应交税金—应交所得税
解交时，
借：应交税金—应交所得税
贷：银行存款
（2）上缴上级款：实行结余上缴办法的单位，所得税后结余按核定的比例或数额计算上缴上级款项。
借：结余分配—应缴上级款
贷：其他应付款—应缴上级款
（3）提取职工福利基金：按财政部门核定的比例提取职工福利基金。
借：结余分配—提取职工福利基金
贷：专用基金—职工福利基金
（4）转作事业基金：
在事业单位的资金运动过程中，事业基金起的是“蓄水池”的作用，用来调节年度之间的收支平衡，因此，按提取职工福利基金后的余额全部转作事业基金。如果收入大于支出，则继续转增事业基金，如果支出大于收入，则用以前年度的事业基金弥补其差额。在确定年初预算时，如支出安排出现缺门，也可以直接安排一部分事业基金用于弥补差额。
经上述三项分配后结余全额转作事业基金的一般基金。
借：结余分配—提取事业基金
贷：事业基金—一般基金 如单位当年“事业结余”出现红字即负结余，则“结余分配”科目出现借方余额，经批准后可用事业基金弥补。
借：事业基金—一般基金
贷：结余分配—未分配结余—事业结余